Znamenita kostnica na zunaj ni videti nič posebnega, je pa njena notranjost toliko bolj presenetljiva, saj je okrašena z več kot 40 tisoč človeškimi okostji.

Zgodovina kostnice sega v leto 1278, ko je kralj Češke predstojnika samostana v Sedlecu poslal na diplomatsko srečanje v Jeruzalem. Ta se je z Golgote vrnil s prgiščem pesti in jo raztrosil po pokopališču. Zaradi tega je pokopališče v Sedlecu postalo znano in vsi premožni ljudje so želeli biti pokopani tam. Pokopališče so morali zato razširiti, vendar je med kugo, ko je pomrlo ogromno ljudi, zmanjkalo prostora za vse. Blizu pokopališča so zato sezidali kapelo in v kleti uredili kostnico.

Leta 1511 je napol slep cistercijanski menih začel urejati kosti in jih zložil v šest piramid, njegovo delo pa je nadaljeval rezbar František Rint, ki ga je za urejanje kosti pooblastil grof Schwarzenberg. Rint je dve izmed šestih piramid razdrl, vse kosti pobelil in uporabil umetniški pristop - nastala je današnja podoba cerkve, ki jo krasijo estetske mojstrovine iz človeških kosti. Eno izmed najbolj fascinantnih del v kostnici je velik lestenec, za izdelavo katerega je Rint uporabil prav vse kosti človeškega okostja.

Ne gre sicer za edinstven primerek, je pa takšnih kostnic v Evropi bolj malo. Znane so še: kostnica pod trgom svetega Jakoba v Brnu, portugalska kapela kosti (Capela dos Ossos), pariške katakombe, kostnica v obliki stolpa v Nišu, katakombe v Sirakuzah in druge.