Bruselj v pismu opozarja, da bi lahko začasno ustavili plačila za operativni program za izvajanje evropske kohezijske politike 2014–2020, če Slovenija ne bo odpravila pomanjkljivosti v sistemu e-MA.

Slovenija ima dva meseca časa, da se odzove na v pismu navedene ugotovitve. Ko bo Evropska komisija proučila odgovor, bo sprejela odločitev, ali začasno ustaviti plačila ali ne.

Pomanjkljivosti je v reviziji sistema izvajanja evropske kohezijske politike aprila 2018 ugotovil urad za nadzor proračuna, ki je sistem izvajanja ocenil z oceno dve. "To pomeni, da sistem deluje, vendar so potrebne določene izboljšave". Pri poglavju, v katerem je ocenjeval delovanje informacijskega sistema e-MA, je podal oceno tri, kar pomeni, da sistem deluje delno, so pa potrebne precejšnje izboljšave.

Morebitna potencialna začasna ustavitev plačil iz bruseljske blagajne v slovenski proračun naj ne bi imela vpliva na izplačila upravičencem (občinam, podjetjem, nevladnim organizacijam in drugim), ki lahko sredstva izkoristijo vključno z letom 2023.