Janez Drnovšek je s stranko LDS leta 2000 zmagal na parlamentarnih volitvah s kar 36,3 odstotka glasov. V novem tisočletju je Slovenija pod njegovim vodstvom dosegla dva pomembna mejnika, povabili za vstop v Evropsko unijo in Nato. Gospodarstvo je raslo. Bil je na vrhuncu politične moči. Zato je bilo še toliko presenetljiveje, da je malo zatem napovedal odhod iz parlamentarne politike in kandidaturo na predsedniških volitvah 2002, torej prehod na položaj z relativno malo pristojnostmi. Vladajočo stranko LDS in premierski položaj je prepustil Antonu Ropu.
Drnovškovi tekmeci so bili Barbara Brezigar, Zmago Jelinčič Plemeniti, France Arhar, Franc Bučar, Lev Kreft, Anton Bebler, Gorazd Drevenšek in Jure Cekuta. Drnovšek je nemudoma zavzel vrh anket. Od začetka mu je najbolj za vrat dihal bančnik in tedaj predsednik uprave Vzajemne Arhar. Ta je skozi mesece celo zmanjševal zaostanek za Drnovškom, vse do "afere" o visoki plači na Vzajemni, ki mu je krepko zbila podporo v javnosti, zato ga je na drugem mestu anket nadomestila tožilka in kandidatka desnice Barbara Brezigar.
https://365.rtvslo.si/arhiv/razlicni-prispevki/148266078
V prvem krogu – prvič v zgodovini samostojne Slovenije – ni bilo zmagovalca. Drnovšek je prejel 44,39 odstotka oziroma 508.014 glasov, Brezigar 30,8 odstotka ali 352.520 glasov, preostali pa niso dosegli dvomestnega deleža. Teme volilnih soočenj so bile varnost hrane, prodaja zemlje tujcem, vstop v Nato in Evropsko unijo ... Barbari Brezigar je v drugem krogu s podporo desnih strank uspelo prepričati 43,48 odstotka volivcev, Drnovšek pa je s 56,52 odstotka prevzel državno poglavarstvo od Milana Kučana.
Prvih nekaj let "dolgočasni tehnokrat"
Prvih nekaj let predsedovanja ni bilo posebej odmevnih. Njegovo delovanje in predsednika je denimo ameriški CNN označil za "dolgočasnega tehnokrata". To se je spremenilo okoli leta 2006, ko je začel vse bolj zahajati med ljudi in se pojavljati v javnosti ter opozarjati na težave tako doma kot v mednarodni skupnosti. Uradno je izstopil iz LDS-a, ki mu je predsedoval Jelko Kacin. Sobivanje levega predsednika z desno vlado pod vodstvom Janeza Janše pa se spremenilo v konfrontacijo, ki je preizkušala tudi meje konvencionalnega predsedniškega delovanja v Sloveniji in njegovih pristojnosti.
Vse dejavnejši je postal v mednarodni skupnosti. Leta 2005 je predložil mirovni načrt za Kosovo, leta 2006 pa je želel razrešiti konflikt v sudanski pokrajini Darfur s pobudo Svet za Darfur. Načrt je obrazložil na ameriških televizijah, kjer se je spraševal, "zakaj pa mala država" ne bi bila pobudnica? Načrt je naletel na interese večjih sil in posledično medel odziv, zato je za svojega odposlanca imenoval znanega Toma Križnarja. Namesto Svetovnega gospodarskega foruma v Davosu se je udeležil konference Mir, nenasilje in krepitev Gandijeve filozofije v New Delhiju v Indiji. Obseg njegovega zunanjepolitičnega delovanja je naraščal, do te mere, da so ga iz vladnih krogov obtožili neracionalne potrošnje denarja in prekoračenja pristojnosti. Okvire slovenske zunanje politike namreč določa državni zbor, poleg tega naj se ne bi usklajeval z zunanjim ministrstvom, na primer pri vabilu srbskega princa Aleksandra II. Karađorđevića. A Drnovšek se ni dal, vladi je celo namenil ostre besede, da si ne bo podredila instituta predsednika republike, dokler bo predsednik on. Vlada je odgovorila tako, da mu leta 2006 sprva ni namenila dodatnega denarja za njegove zunanjepolitične projekte. Drnovšek je tedaj celo odpovedal uradni državniški obisk v Španiji, kjer bi se med drugim srečal s španskim kraljem, odpovedal je tudi odhod na generalno skupščino ZN-a. Vlada mu je naposled namenila "povišico" 60 milijonov tolarjev, po tem, ko so se v spor vpletle politične stranke obeh strani in se strinjale, da takšen konflikt škoduje Sloveniji.
Konec leta 2005 je izvedel, da ima poleg sina Jaše tudi nezakonsko hčerko Nano.
Leta 2006 je zavrnil podpis zakona o azilu, ker je nižal pravice prosilcev za azil. V Sloveniji zakone sprejema parlament, predsednik jih zgolj podpiše. A kaj se zgodi, če jih ne? Vnela se je vroča razprava v medijih, a končalo se je tako, da je predsednikov avtogram le končal pod novo zakonodajo.
Ostro je nastopil proti vojaški paradi, ki jo je želela organizirati vlada. Ker je predsednik republike tudi vrhovni poveljnik oboroženih sil, je vlada naposled namero opustila.
Odmevno je bilo njegovo posredovanje v dolenjski vasi Ambrus, kjer so se domačini pritoževali nad obnašanjem romske družine Strojan, češ da so leglo nasilja in kriminala, in jih želeli izgnati. Drnovšek se je soočil z jezno množico, jih opominjal na njihovo krščansko poreklo in človečnost. Družini Strojan je želel pripeljati zabojnike, da bodo v njih prebili zimo. Vlada je družino Strojan preselila v Roje, Drnovšek pa je vlado opominjal, da zanje še vedno ni ustrezno poskrbela. Kritičen je bil do vladnega kadrovanja.
Leta 2006 je ustanovil Gibanje za pravičnost in razvoj. Na prvem letnem zboru je bilo vidno večje število slovenskih politikov leve provenience, a skozi čas vedno manj, saj je bilo gibanje usmerjeno v poduhovljenost, filozofijo, zdrav način življenja. Med načeli so našteli nudenje pomoči tistim, ki jo potrebujejo, preusmeritev k bolj zdravi prehrani, ohranjanje naravnega okolja in dediščine, odpravljanje konfliktnih situacij doma in po svetu, zagotavljanje dostojnega preživetja vsakemu človeku, prijaznejši odnos ljudi do živali, duhovni razvoj človeštva in pravičnejša svetovna ureditev. Zaokrožila je Drnovškova fotografija z zelenim vencem na glavi. Številni so se spraševali, ali je to predsedniška drža, drugi so bili nad Drnovškovo preobrazbo navdušeni.
Njegov življenjski slog je postajal vse manj konvencionalen, do te mere, da so zahodni mediji o njem pisali kot o "new age predsedniku". Preselil se je v Zaplano, se začel vegetarijansko prehranjevati, sam si je pekel kruh. Pisal in objavil je več esejističnih knjig v slogu new agea. Odprl je blog, kjer je pisal prispevke, a ne kot predsednik republike, ampak kot Janez D, državljan. Znova so vzniknile polemike, ali se to pritiče osebi na njegovem položaju.
Obenem so njegove zdravstvene težave postajale vse očitnejše. Drnovšek je imel težave z rakom že od leta 1999, ko so mu odkrili tumor na ledvici, oboje so mu odstranili. Čez nekaj let so razsevke našli še na nekaterih drugih organih. Leta 2005 je v odmevnem intervjuju za hrvaški medij razkril, da ni izboljšanja in da so se razsevki povečali. Številni so ugibali, da bi ravno napredovanje bolezni lahko spodbudilo njegovo notranjo preobrazbo. Iz tega je vzniknila tudi javna razprava, ali je javnost upravičena podrobno poznati zdravstveno stanje predsednika države oziroma kje so meje njegove zasebnosti.
Vse bolj se je zatekal k alternativni medicini, denimo indijskemu zdravilcu. Opozicija je Drnovška obtožila, da je v ta namen črpal denar iz črnega fonda Sove.
Storil je še korak naprej, bolezen je odmislil in zatrjeval, da je zdrav. "Kako naj vas prepričam," je zagotavljal slovenskim medijem. Medtem je onkološka stroka opozarjala, da je to lahko sporno, saj bi lahko spodbudilo tudi druge ljudi, da opustijo konvencionalno medicino pri raku. Znani zdravnik Tine Velikonja je javno napovedal, da predsednikove trditve ne držijo in da utegne Drnovšek do leta 2007 umreti.
Ob vsem tem se je odnos med predsednikom republike in vlado vse bolj zaostroval. Drnovšek je predlagal številne kandidate za Banko Slovenije in ustavno sodišče, pa jih je vladna koalicija zavračala. To sicer z današnjega gledišča ni neobičajno, tudi predlogi naslednika, Boruta Pahorja, pogosto padejo. A z vidika takratne politične kulture je to bilo neobičajno.
Nekaj mesecev pred iztekom mandata se kot predsednik republike prvič v zgodovini samostojne Slovenije ni udeležil slovesnosti ob dnevu državnosti. Iz neuradnih virov pa se je izvedelo, da je udeležbo na proslavi zavrnil zaradi nestrinjanja z obstoječo vladno politiko in zaradi skrb vzbujajočega stanja duha v državi.
Njegov mandat se je končal decembra 2007. Ob predaji poslov nasledniku, Danilu Türku, se je v javnosti pojavil vidno shujšan in se poslovil od javnosti. Dva meseca pozneje, 28. februarja 2008, je zaradi raka umrl.
Zdravje je v njem sprožilo poslednjo notranjo preobrazbo. Malo pred smrtjo, še vedno v vlogi predsednika republike, se je pojavil na odprtju takrat nove ljubljanske onkološke klinike. Izrekel je pretresljive besede, ki so nakazovale, da se je zavedal svoje usode. "Onkološko zdravljenje raka je edino učinkovito zdravljenje, nobene alternative ni. Vsak zdravilec, ki pravi, da lahko zaustavi tako bolezen, je šarlatan."