Krkoviča je bil zaslišan ljubljanskem okrožnem sodišču zaradi suma vpletenosti v dva umora. Zahtevo za preiskavo je vložila vdova sestreljenega pilota Tonija Mrlaka, Emilija Mrlak. Tožilstvo je sicer njeno ovadbo zoper Krkoviča v tem primeru že zavrglo, a je ta pregon prevzela sama. Po zaslišanju naj bi se sodišče odločilo, ali bo zoper Krkoviča uvedlo sodno preiskavo.
Po zaslišanju je v izjavi za novinarje pojasnil, kaj je povedal sodišču: pravni okvir, pod katerim je dal junija 1991 sestreliti helikopter Jugoslovanske ljudske armade (JLA). Na nadaljnja vprašanja sodišča pa ni odgovarjal, ker želi, da tožilstvo - če bo do procesa prišlo - najprej sestavi obtožnico, da bo vedel, česa ga bremenijo.
Kot udarec v njegovo čast in ponos je ocenil dejstvo, da se zadevo presoja po nekdanji zakonodaji Socialistične federativne republike Jugoslavije (SFRJ). "Da se mi to ponuja z demagoško finto, da je to zame ugodneje, se mi zdi norčevanje," je dejal in dodal, da želi, da se mu sodi po slovenski zakonodaji.
Mrlakova: Mož ni bil sovražnik
Mrlakova je po zaslišanju povedala, da njen mož na dan sestrelitve ni bil sovražnik slovenskih obrambnih sil, ampak da je bil del njih. Slednje po njenih besedah izhaja iz sodbe upravnega sodišča iz 20. avgusta 1998 in odločbe ministrstva za obrambo iz 16. aprila 2002. V slednji je zapisano, "da je njegov status glede pravnih posledic enak statusu pripadnika takratne Teritorialne obrambe (TO)", je pojasnila. Dejala je, da je njen mož v TO prestopil avgusta 1990, v aktivni službi JLA-ja pa je ostal, ker naj bi se dogovarjal za prehod treh helikopterjev JLA-ja na slovensko stran.
Na vprašanje, kako bi lahko Krkovič vedel, kdo je v helikopterju, je sestra Mrlakove, Draga Potočnjak odgovorila, da za bojevanje obstajajo neka pravila. "Poznamo defenzivno in ofenzivno bojevanje. Predsedstvo RS-ja ni izdalo nobenega ukaza za ofenzivno bojevanje, ampak samo za obrambo," je dejala. Sama meni, da je bila sestrelitev potrebna, "ker je nekdo hotel veliko vojno".
Krkovič: JLA nam je napovedala vojno
Krkovič je nekaj več povedal še na tiskovni konferenci pred zaslišanjem na sodišču. Tisti dan, ko je bil helikopter sestreljen, je JLA zjutraj Sloveniji napovedala vojno, zato so veljali "principi bojnega delovanja", je povedal Krkovič. Helikopter je nekaj po 19. uri preletel položaje brigade Moris, zato je bil po besedah Krkoviča sestreljen.

Krkovič je dejal, da ni vedel, kdo pilotira helikopter, saj tega z razdalje, s katere so streljali nanj, ni mogoče videti. "Nismo streljali na Mrlaka, pač pa na helikopter JLA-ja," je poudaril. Prav tako ni vedel, da naj bi želel Mrlak domnevno prestopiti na stran Teritorialne obrambe (TO): "To je zgodba, ki je bila izmišljena naknadno." Mrlak bi se po njegovem mnenju namreč lahko odzval na poziv, ki je bil izdan tistega dne zjutraj, naj Slovenci, ki so v JLA-ju, ne sodelujejo v agresiji JLA-ja na Slovenijo, vendar tega ni storil, je dejal Krkovič. Kdo je sicer streljal na helikopter, Krkovič, ki je izdal ukaz, ne bo povedal, razen če bo tisti to izrecno želel.

"Globoko politično ozadje"
Krkovič je prepričan, da ni realne podlage za njegov pregon in da ima zadeva tudi globoko politično ozadje. "Gospa, ki je prevzela pregon, si je po mojem mnenju naprtila težko breme, tako sebi kot svoji družini, prepričan pa sem, da pri tem ne bo uspela," je dejal. Sam jo vidi kot "instrument v tem procesu". "Tisti, ki jo vodijo, jo bodo takoj, ko ji ne bo uspelo, pustili na cedilu," je dodal. Poudaril je še, da slovenskim sodiščem ne zaupa, predvsem zaradi negativne izkušnje v zadevi Patria, kjer je pregon zoper njega na koncu zastaral.
Krkoviču v bran
Pred sodiščem se je v podporo Krkoviču zbralo okoli 100 njegovih podpornikov iz SDS-a in Združenja za vrednote slovenske osamosvojitve, med njimi tudi predsednik SDS-a in takratni obrambni minister Janez Janša. Slednji je v izjavi novinarjem dejal, da še nekaj let nazaj ne bi verjel, da je mogoč "takšen škandal", ko se Krkoviča preganja zato, ker je opravil svojo dolžnost. Slednjo je Krkovič po besedah Janše opravil na podlagi odredbe predsedstva RS-ja in ukaza takratnega republiškega štaba za TO.

"Po tej logiki lahko preganjajo kakšnih 50.000 ljudi, ki so se takrat odzvali pozivu k obrambi domovine," je dejal. Sodišče bi moralo po njegovem prepričanju zadevo zavreči takoj, "ne pa da izkorišča neke pollegalne in polproceduralne možnosti" za pregon Krkoviča.

Dan poprej so v obrambo Krkoviču stopili v Zvezi društev in klubov MORiS, rekoč, da je Krkovič kot tedanji poveljnik 30. razvojne skupine TO-ja (poznejše 1. specialne brigade MORiS) ravnal pravilno in v skladu z mednarodnimi konvencijami.