Šoba je bil skupaj z nekdanjim državnim sekretarjem na ministrstvu za gospodarstvo Borisom Šuštarjem in Stanislavom Droljcem obtožen nepravilnosti pri dodeljevanju nepovratnih državnih sredstev slovenskim podjetjem med leti 1998 in 2000.

Šuštar je bil obsojen na pet let zapora in 25.000 evrov denarne kazni, Droljc pa na leto in pol zapora ter 12.000 evrov kazni. Kmalu po začetku sojenja pa je Šoba domnevno odpotoval na službeno pot v tujino, od koder pa se v Slovenijo ni vrnil, zato je bil postopek proti njemu izločen.

Šobo so izsledili in priprli v Kanadi, Slovenija pa je prošnjo za njegovo izročitev podala oktobra 2007. Mesec pozneje so ga Kanadčani pod posebnimi pogoji (moral se je pogosto javljati) izpustili na prostost. Znova je bil priprt februarja letos, ko se je začel postopek za njegovo izročitev.