Po predlogu Evropske komisije naj bi urad evropskega javnega tožilca deloval kot neodvisen organ pod demokratičnim nadzorom, delovati pa naj bi začel do leta 2015. Njegova glavna naloga bo preiskovanje in preganjanje dejanj, ki so povezana z nezakonito porabo sredstev iz proračuna Evropske unije.

Če imamo "zvezni proračun", kamor denar prispevajo vse države članice in ki ga upravljamo na podlagi skupnih pravil, potem potrebujemo tudi "zvezne instrumente" za njegovo učinkovito zaščito povsod v Evropski uniji, je logika delovanja urada.

Urad bo imel decentralizirano strukturo in bo povezan z nacionalnimi pravosodnimi sistemi. Delegirani evropski tožilci bodo vodili preiskave in postopke v državah članicah, pri tem pa bodo sodelovali z nacionalnimi kadri in upoštevali nacionalno pravo. Evropski javni tožilec bo usklajeval njihovo delo, kar bo še posebej pomembno v čezmejnih primerih.

Nacionalna sodišča bodo lahko izvajala pravosodni nadzor in tako presojala o upravičenosti dejanj evropskih tožilcev. V Bruslju poudarjajo, da predlog "občutno krepi" postopkovne pravice osumljencev, ki jih bo preiskoval evropski tožilski urad.

Za integracijo z nacionalnimi sistemi bo zadolžen "kolegij" deseterice v sestavi evropski javni tožilec s štirimi namestniki in petimi delegiranimi tožilci na podlagi dogovora o splošnih pravilih o dodeljevanju primerov.

Ničelna toleranca do goljufij
Evropska komisarka za pravosodje Viviane Reding je prepričana, da Evropska komisija s predlogom uresničuje napoved o ničelni toleranci glede goljufij, ki so povezane s sredstvi iz evropskega proračuna. Urad evropskega javnega tožilca bo zagotavljal, da bodo preiskave in pregon učinkoviti ter usklajeni v vseh državah članicah.

Urad bo premostil vrzeli med kazenskimi sistemi v državah članicah, katerih pristojnosti se ustavijo na državnih mejah, in med institucijami Unije, ki nimajo pristojnosti za vodenje kazenskih preiskav.

EU pozna veliko različnih ravni zaščite in izvrševanja ukrepov oziroma sankcij na področju poneverb evropskih sredstev. Povprečna stopnja pregona tovrstnih kaznivih dejanj v EU-ju je precej nizka, saj znaša le 42,3 odstotka, razlike med članicami pa so velike. V Sloveniji sta bila na primer nacionalnim oblastem v obdobju med letoma 2006 in 2011 predana le dva primera, sodnega epiloga ni doživel nobeden. Največ primerov so obravnavale Romunija, Nemčija in Italija.

V pobudi skladno z določili pogodb EU-ja ne bo sodelovala Danska. Velika Britanija in Irska prav tako ne bosta sodelovali, lahko pa se projektu pridružita, če bosta to želeli.