Na občini se je po diplomi s prava zaposlil leta 1981 in ostal tam kar dolgo, nato pa ga je v pivovarno povabil takratni prvi mož družbe Tone Turnšek. Sprva je delal v kadrovski službi, se nato povzpel do mesta namestnika direktorja ter bil konec avgusta 2005 izbran za Turnškovega naslednika, ki je po 24 letih vodenja pivovarne odhajal v pokoj.

Šrotov petletni mandat se je začel novembra istega leta. Takrat je bila Pivovarna Laško zelo uspešna, leto pred tem ji je uspela zmaga v pivovarski vojni, v kateri je prevzela Union. A Šrotovo vodenje družbe je bolj kot nadaljnje širjenje zaznamovalo lastninjenje.

Lastninjenje pivovarne
Že leta 2007 revija Manager na četrto mesto lestvice najbogatejših Slovencev postavi Danijelo Rakovič, lastnico podjetja Kolonel z le enim poštnim nabiralnikom. Začne se ugibanje, ali je Rakovičeva le slamnata lastnica in kdo je pravi lastnik. Po nekaj mesecih se izve, da je lastnik Kolonela Atka Prima, podjetje Boška Šrota in njegove žene Anice. S tem pa ni konec odkritjem. Kolonel je namreč lastnik Infonda Holdinga, ki večinsko oblvaduje laško pivovarno. In tako je jasno, da je Šrot tudi delni lastnik pivovarne. Lastniške deleže ima še v Mercatorju, Fructalu, Radenski, Delu in Večeru.

Takrat je dejal, da je nakup Kolonela izpeljal zakonito in s poštenim namenom, svojo odločitev pa pojasnil z besedami: "Za tako obliko sem se odločil, ker je vladajoča politika ustvarjala izrazito sovraštvo do domačih koncentracij lastništva, pri katerih so sodelovali aktualni menedžerji."

Banke upnice zahtevale odhod
Kljub vsem tem pojasnilom pa so se težave začele kopičiti. Lastništvo je namreč Šrot pridobil z zadolževanjem, to pa se ni izkazalo kot najboljša poteza, sploh po tem, ko je Nova Ljubljanska banka zavrnila podaljšanje 130 milijonskega kredita Infondu Holdingu. Podobno se zgodi tudi pri drugih bankah upnicah, ki začnejo zahtevati Šrotov odhod.