Edo Škulj se je rodil 23. maja leta 1941 v Podsmreki pri Velikih Laščah. Po vojni je njegova družina odšla v Buenos Aires, kjer je obiskoval osnovno šolo. Po končani maturi je odšel v Baragovo semenišče. Leta 1965 je bil posvečen v duhovnika. Velik del življenja in dela je posvetil umetnosti glasbe. Študiral je na Papeškem inštitutu za cerkveno glasbo v Rimu. Zatem je nekaj časa deloval v Frankfurtu, nato pa leta 1975 odšel v Ljubljano za kaplana, stolnega vikarja in organista pri mašah z ljudskim petjem.

Več let je bil tajnik Teološke fakultete v Ljubljani, koordinator za znanstveno raziskovalno delo in vodja podiplomskega študija. Od leta 1985 je bil zunanji sodelavec. Znanstvenoraziskovalnega centra Slovenske akademije znanosti in umetnosti (SAZU), kjer je svoje delo v večini posvetil opusu Jakoba Gallusa. Njegovo življenjsko delo je prav transkripcija celotnega Gallusovega opusa, ki je izdan v 20 zvezkih pri SAZU-ju – gre za 374 motetov, 100 madrigalov in 16 maš. Poleg tega je napisal več knjig, med drugim Gallusov katalog, Clare vir: ob 450-letnici rojstva Iacobusa Gallusa, Slovenski protestantski napevi, Leksikon slovenskih cerkvenih glasbenikov, zadnja obširna monografija pa je je leta 2017 izšla pri Celjski Mohorjevi družbi ob 100-letnici smrti skladatelja Frana Gerbiča. Zaslužen je tudi za obuditev revije Cerkveni glasbenik. Bil je tudi sodelavec in ustvarjalec vrste oddaj na Radiu in Televiziji Slovenija.

Leta 2011 je ob njegovi 70. obletnici pri Celjski Mohorjevi družbi izšla knjiga z naslovom Edo Škulj – 70 let življenja in ustvarjanja, ki predstavlja Škuljevo raznovrstno delo na področju transkribiranja Gallusove glasbe, pedagoške dejavnosti, organografije in uredniškega dela.
Za svoje delo je Škulj prejel Gallusovo plaketo Javnega sklada RS za kulturne dejavnosti in Mantuanijevo nagrado Slovenskega muzikološkega društva.