Gospodarjenje z gozdovi v Sloveniji povezuje gospodarsko dejavnost in ohranjanje narave. Ohranjenost in pestrost slovenskih gozdov sta zelo veliki, na kar med drugim kažejo tudi močne populacije sicer v Evropi ogroženih vrst in velik delež območij Natura 2000.
Gozdni rezervati so rezervoar biotske pestrosti in učilnica za sonaravno gospodarjenje z gozdovi
V Republiki Sloveniji je 9.508 ha gozdov razglašenih za gozdne rezervate, kjer so gozdovi prepuščeni naravnemu razvoju. Gozdni rezervati prispevajo k povečanju biotske raznovrstnosti v gozdovih ter omogočajo študij naravnega razvoja gozdov. Spoznanja o zakonitostih razvoja gozdov brez vpliva človeka prenašamo v gospodarski gozd.
Naravovarstvene vsebine predstavljajo pomemben del gozdnogospodarskih načrtov
Slovenija je pri upravljanju območij Natura 2000 razvila specifičen sistem, ki temelji na vključevanju naravovarstvenih smernic v vse sektorske načrte. Metodologija za upravljanje območij Natura 2000 z gozdnogospodarskimi načrti je bila razvita leta 2008. Gozdnogospodarski načrti so danes pomembno orodje za zagotavljanje varstva narave nasploh in še posebej na območjih Natura 2000.