Kovačič je odlok o razpisu zakonodajnega referenduma izpodbijal, ker je menil, da je ministrstvo za obrambo z dopisom Sindikatu vojakov Slovenije prepovedalo izražati podporo referendumu o tem zakonu in sodelovati v referendumski kampanji.

Kot so zapisali na ustavnem sodišču, je Kovačič v pobudi navedel, da naj bi sindikat sprejel sklep o ukinitvi podpore referendumu, zato naj bi prišlo do izpada več tisoč državljank in državljanov, ki naj bi bili pripravljeni aktivno sodelovati v referendumski kampanji, in do kršitve več členov ustave.

Predsednik DZ-ja Milan Brglez te škode po Kovačičevi oceni kljub njegovemu opozorilu ni odpravil. Pobudnik referenduma je prepričan, da je bil zaradi tega protiustavno oškodovan že pri zbiranju podpisov, enako pa še v referendumski kampanji.

Soglasna zavrnitev
"Ustavno sodišče pobudo zavrne, če od odločitve ni pričakovati rešitve pomembnega pravnega vprašanja. Ko gre za oceno ustavnosti zakona oziroma oceno ustavnosti ali zakonitosti podzakonskega predpisa, sprejme pobudo za začetek takega postopka ustavno sodišče le tedaj, če bo lahko na njeni podlagi odločilo o pomembnem ustavnopravnem vprašanju," so zapisali na ustavnem sodišču in pobudo soglasno zavrnili.

Ustavno sodišče sicer obravnava tudi Kovačičevo pritožbo zoper sklep vlade o dodelitvi 97.000 evrov za potrebe referendumske kampanje. Po neuspehu na referendumu pa namerava v ustavno presojo vložiti še zakon o drugem tiru.

Kovačič se je sicer v minulih mesecih v zvezi s projektom drugi tir večkrat obrnil na ustavno sodišče. Njegovo pobudo za oceno ustavnosti odloka o razpisu referenduma o zakonu o drugem tiru je sodišče zavrnilo, pobudo za začetek postopka za oceno ustavnosti dopisa predsednika DZ-ja o določitvi roka za zbiranje podpisov v podporo zahtevi za razpis referenduma o zakonu o drugem tiru pa zavrglo.