Bonova je v svoji karieri že dvakrat vodila reprezentanco. Septembra 1996 je bila prvič imenovana na funkcijo selektorice slovenske ženske rokometne reprezentance, s katero se je uvrstila tudi na svetovno prvenstvo.

Leta 2003 je dobila drugi mandat in z reprezentanco na svetovnem prvenstvu osvojila osmo mesto, kar je največji uspeh ženskih članskih reprezentanc med ekipnimi športi v Sloveniji.

"V tretje gre rado!"
Predsedstvo Rokometne zveze Slovenije (RZS) je predlog za imenovanje Marte Bon na selektorsko mesto ženske reprezentance na sredini seji uvrstila naknadno, predlogu pa ni nasprotoval noben od članov predsedstva RZS-ja. Bonova je ob svojem tretjem nastopu na odgovorno funkcijo dejala: "V tretje gre rado. Dejstvo je, da je to zame zelo velik strokoven izziv, ob tem pa tudi velika čast. Razmere v slovenskem ženskem rokometu so kar zapletene, reprezentanca je na nizki ravni, upam, da bomo skupaj s sodelavci obrnili njeno krivuljo uspehov navzgor in se skušali približati ravni, na kateri je pred leti že bila."

Želja: Izboljšati rezultate
"Moja želja je, da Slovenija izboljša slabe rezultate v zadnjem obdobju in se izogne predkvalifikacijskim turnirjem. O ciljih bom podrobneje spregovorila po pogovoru z mojimi sodelavci, predvsem pa bi, ob spoštljivem odnosu znotraj ekipe, rada zgradila močno, moderno in odločno reprezentanco," je med drugim dejala Bonova.