Nasir Abas je priznal, da je sam član omenjene organizacije, ki naj bi bila povezana tudi z Al Kaido, Bašir pa naj bi vodenje prevzel po smrti Abdulaha Sungkarja avgusta 1999. Abasu naj bi to potrdil tudi Bašir sam, ko se je srečal z njim na Javi.

Sojenje Baširju je že drugo v zadnjih dveh letih, leta 2002 pa mu niso mogli dokazati povezav s terorizmom. Džamaja Islamija naj bi bila med drugim odgovorna za napade na Baliju, v katerih sta oktobra 2002 umrla 202 človeka.