V preteklosti je Chavez že večkrat kritiziral Katoliško cerkev v Venezueli, a je tokrat prvič kritike usmeril proti papežu. Obtožil ga je, da se ne zmeni za "holokavst", ki se je zgodil po tem, ko je Krištof Kolumb leta 1492 odkril Ameriko. V naslednjih stoletjih je zaradi evropske kolonizacije, ki jo je podpirala Cerkev, v suženjstvu, lakoti in boleznih umrlo na milijone Indijancev. Zaradi papeževih izjav so ogorčenje izrazili tudi indijanski voditelji.

"Z vsem spoštovanjem, vaša svetost, opravičite se, saj je bil tukaj res genocid, in če ga bomo zanikali, bi s tem zanikali same sebe," je dejal Chavez, ki se predstavlja kot zaščitnik latinskoameriških Indijancev in jim je v Venezueli podelil več pravic. Tudi sam se ima za Indijanca, saj pravi, da so Venezuelci mešanci med Evropejci in staroselci.

Med obiskom v Braziliji je papež na konferenci latinskoameriških škofov dejal, da Cerkev ni na silo spreobračala staroselcev v krščanstvo.