Obtožujejo ga utaje davkov in poslovnih prevar. Tako naj bi se podjetju, ki je na robu propada, nabralo kar za 27,5 milijarde dolarjev neplačanih obveznosti.

Podjetje Rosnef pa je proti Jukosu na moskovskem arbitražnem sodišču vložilo tožbo za 2,2 milijarde dolarjev. Zahtevali naj bi namreč, da Jukos plača nafto, ki jo je lani od podjetja Jugansk, ki je bil nekoč v lasti Jukosa, prejemal med junijem in decembrom. Jugansk je podjetje Rosnef kupilo proti koncu lanskega leta.