Ubilo ga je osem tajnih policistov, za katere je sodišče lani odločilo, da so krivi umora in poskusa umora zdajšnjega srbskega zunanjega ministra Vuka Draškovića, tedaj voditelja opozicije. Vrhovno sodišče je sporočilo, da so dokazi potrdili, da je ukaz za atentat na oba politika izdal Milošević, ki je umrl 11. marca v Haagu.

Stambolića so ubili med tekom in njegovo truplo, ki so ga našli šele leta 2003, odvrgli v apnico na severu Srbije.