Po osamosvojitvi Namibije leta 1990 je državo vodil do leta 2005.

Namibijski predsednik Nangolo Mbumba je danes sporočil, da je umrl "cenjeni borec za svobodo in revolucionarni voditelj".

Nujoma je na čelu osvobodilnega gibanja Swapo, ki ga je soustanovil leta 1960, leta 1990 dosegel neodvisnost Namibije od Južne Afrike. Ta je po prvi svetovni vojni prevzela nadzor nad nekdanjo nemško kolonijo Jugozahodna Afrika.

Nujoma je leta 1990 prisegel kot prvi predsednik neodvisne Namibije, na položaj pa je bil ponovno izvoljen še za dva mandata, in sicer leta 1994 in 1999.