Razlaga za Sanaderjev odstop je prišla z objavo zaupne elektronske pošte zasebne ameriške analitske hiše Stratfor, ki jo je objavila spletna stran Wikileaks. Višji analitik Stratforja Marko Papic se je v elektronskem sporočilu 17. sepetembra 2009 svoji centrali v ZDA skliceval na neimenovani vir, ki je trdil, da je Sanader odstopil zaradi organiziranega kriminala.

Domnevni vir naj bi bil švedski poslanec ali poslanka, ki je tesno povezan s švedskim zunanjim ministrom Carlom Bildtom in ima dobre povezave na Balkanu.

"V bistvu je (Sanader) imel nekakšne posle s pristaniščem Ploče, kjer naj bi Hrvaška gradila terminal LNG. Povezal se je z organiziranim kriminalom, kjer pa so mu povedali, naj se odloči, ali se bo umaknil iz politike ali bodo začeli moriti člane njegove družbe. Sledil je njihovim ukazom," je zapisal Papic in še pojasnil, da "na Hrvaškem absolutno prevladuje organizirani kriminal, ki je tudi posledica državljanske vojne" na ozemlju nekdanje Jugoslavije.

Srbija počistila bolje kot Hrvaška
"Tudi v Srbiji obstaja organizirani kriminal, ki pa ni tako močan, kot je na Hrvaškem, ker je umor (nekdanjega premierja Zorana) Đinđića spodbudil državo, da umakne večino elementov resnično močnega organiziranega kriminala," je še ocenil Papic, ki se v medijih pogosto pojavlja kot geostrateški analitik. Svoj ocene je označil kot zaupne in ni želel njihove objave.

Papic še trdi, da je Bildt močno podpiral Hrvaško, ki ji sicer ni bil naklonjen pri vstopu v Evropsko unijo, in to zato, da bi imel novega zaveznika proti nemško-francoski navezi, ki vodi Evropsko unijo.

"Gre za zanimivo blago ... del glede Sanaderja je norišnica, čeprav pričakovana," je Papicu odgovoril naslovnik pošte Eugen Chausovsky 2. oktobra 2009.

Sanader ni nikoli povsem pojasnil razlogov za svoj odstop 1. julija leta 2009, ampak je le dejal, da je želel šokirati Hrvaško in Evropo, pri čemer je poudaril, da je želel prekiniti "izsiljevanje" Slovenije, ki je blokirala pot Hrvaške v EU.

Sanader vztraja, da je odstopil zaradi Slovenije
Med premorom današnjega sojenja v primeru Hypo Alpe Adria banke in madžarske energetske družbe Mol je Sanader zavrnil trditve WikiLeaksa. "To so pravljice," je izjavil novinarjem. Spomnil je, da so se pred časom pojavile podobne medijske trditve, da je odstopil zaradi pritiska nemške kanclerke Angele Merkel. "Takšne zadeve ne obstajajo v mednarodni politiki," je še dejal Sanader.

Na vprašanje, zakaj pa je odstopil, je Sanader dejal, da zaradi slovenske blokade hrvaških pogajanj z EU-jem. "Takrat tega nisem želel izpostavljati kot razlog, da ne bi škodoval pogajalski poziciji Hrvaške. To je edini in pravi razlog mojega odstopa," je dodal.