Pred tem pa so v preteklih vladah sodelovali nekateri vidni člani NSi-ja in tudi njen predsednik. Andrej Bajuk se je namreč prvič javno predstavil v Sloveniji ob združitvi nekdanjih SKD-ja in SLS-a, ko je bil izvoljen za enega izmed podpredsednikov. Ker je bila SLS takrat članica vlade Janeza Drnovška, je njena združitev z opozicijsko stranko in odstop njenih ministrov povzročil padec tedanje vlade, za novega mandatarja pa je bil izvoljen Andrej Bajuk. Vlado je vodil od maja 2000 do državnozborskih volitev jeseni istega leta.

Največkrat je v vladah sodeloval vidni član NSi-ja in evropski poslanec Alojz Peterle. Med letoma 1990 in 1992 je bil predsednik prve demokratično izvoljne slovenske vlade, nato pa še dvakrat zunanji minister - leta 1993 ga je na to mesto imenoval takratni premier Janez Drnovšek, maja 2000 pa je za pol leta prevzel slovensko diplomacijo v vladi Andreja Bajuka.

V t. i. "Bajukovi vladi" je ministrski stolček dobil še en pomemben član Nove Slovenije, Lovro Šturm. Bajuk mu je takrat zaupal ministrstvo za šolstvo in šport.

Na štiri ministrska mesta 6 ministrov NSi-ja
V zadnjem mandatu je Nova Slovenija nastopala kot ena od koalicijskih partnerk v vladi Janeza Janše in dobila štiri svoje ministre. Pred poslanci so bili potrjeni Andrej Bajuk kot minister za finance, Lovro Šturm, ki sicer ni član NSi-ja, a spada v kvoto stranke, kot minister za pravosodje, Janez Drobnič kot minister za delo, družino in socialne zadeve in Jure Zupan kot minister za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo.

Novembra 2006 je premier Janša poslancem predlagal razrešitev Janeza Drobniča, ki ga je v njegovem ministrstvu nasledila Marjeta Cotman.

Večji pretres v vladi pa se je zgodil avgusta 2007, ko so svoj odstop ponudili kar trije ministri, eden med njimi tudi iz NSi-ja, Jure Zupan. Kot nova ministrica za visoko šolstvo je bila potrjena dotedanja poslanka Mojca Kucler Dolinar.