Največji, indonezijski del otoka se imenuje Kalimantan. To ime se (neupravičeno) uporablja tudi kot sopomenka za celotni Borneo.

Še v pleistocenu je bil Borneo spojen s kopnim jugovzhodne Azije. Skupaj sta sestavljala ozemlje, ki so ga geologi poimenovali Sundaland. Šele s poledenodobnim dvigom morske gladine se je Borneo ločil od celine. Med obema je Južnokitajsko morje.

Gorata, z vlažnimi pragozdovi porasla notranjost se najvišje vzpne na severu otoka, kjer je 4101 meter visoka gora Kinabalu. Iz notranjosti se na vse strani širijo gorski venci z vmesnimi rečnimi dolinami. Doline so gosto poseljene, saj je nekoliko zamočvirjena prst zelo rodovitna.

Med rastlinstvom in živalstvom otoka je nekaj predstavnikov, ki imajo svetovni sloves. Med živalmi so najbolj znane ptič kljunorožec (Buceros rhinoceros), opica nosan (Nasalis larvatus) in seveda primat orangutan (Pongo pygmaeus). Orangutan je endemična žival Sumatre in Bornea. V malajščini izraz orang pomeni človek, utan pa gozd oziroma džungla.

Državna meja med malezijskim in indonezijskim delom Bornea je zelo pomembna ločnica med gospodarsko dokaj razvito in politično stabilno Malezijo ter gospodarsko slabše razvito in politično nestabilno Indonezijo.

Na Borneu na obeh straneh državnih meja pomešano živijo različna ljudstva in plemena. V indonezijskem delu otoka so številna manjša ljudstva, ki prebivajo v prometno zelo slabo dostopnih višavjih in pragozdovih, v bistveno večji meri ohranila tradicionalni način življenja. V malezijskem delu je hiter gospodarski razvoj povsem spremenil življenje v mestih, močno pa je razkrojil tudi predindustrijsko družbo na podeželju. Izjema je oddaljena, prometno bolj nedostopna notranjost.