Samostanski kompleks leži okoli 70 kilometrov južno od gruzijskega glavnega mesta na pustem in neobljudenem hribovitem območju, kjer stoji 15 samostanov, od katerih danes deluje samo še eden. Pot od vznožja do samostana je strma in treba je kar nekaj vzdržljivosti, da se prebijemo do starodavnih zgradb, a pogled z vrha in pohajkovanje med kamnitimi mojstrovinami poplača vse napore.

Ustanovitelj prvega samostana je bil gruzijski svetnik David Gareja, eden od 13 legendarnih asirskih menihov, ki so iz Mezopotamije prišli v Gruzijo v prvi polovici 6. stoletja in tukaj vzpostavili svojo meniško skupnost. Veljajo za očete gruzijske pravoslavne cerkve. V poznejših stoletjih se je kompleks še razširil in se utrdil kot eden od verskih ter kulturnih središč. Največji razcvet so samostani doživeli od konca 11. do začetka 13. stoletja v času gruzijskega kraljestva.

V iskanju osame, v kateri se je želel predajati služenju Bogu in se posvečati celodnevni molitvi, je Gareja na tem neposeljenem in polpuščavskem delu Kavkaza našel tisto, kar je iskal, skupaj z njim pa tudi njegovi sopotniki. Njihova prvotna bivališča so bile jame, medtem ko so se prehranjevali predvsem z zelišči in drevesnim lubjem.

Kot pravi legenda, je k menihom med poletno vročino, ko so se posušile vse zeli, Bog poslal srne, ki so jih pomolzli, da bi se naužili njenega mleka. A ko je David nad mlekom naredil križ, se je to čudežno spremenilo v sir. Srne so jih obiskovale vsak dan, razen v sredo in četrtek, ko so se držali strogega posta. David je bil glede na legendo tudi zaslužen, da je pregnal veliko kačo, ki je živela v bližnji jami, vendar jo je nato na njegov ukaz zapustila in se preselila drugam.

Motivi Davida in menihov v družbi srn in kače so zaradi tega pogosto upodobljeni na edinstvenih freskah in stenskih poslikavah, ki so ena od posebnosti kompleksa in mu dajejo še prav poseben čar. Predvsem freske veljajo za mojstrovino gruzijske srednjeveške umetnosti.

Živahno in plodno samostansko življenje se je končalo s prihodom Mongolov v drugi polovici 13. stoletja in sledila so stoletja zanemarjanja, čeprav kompleks ni nikoli izgubil svojega posebnega mesta pri gruzijskem narodu. V času Sovjetske zveze, ko je bila Gruzija ena izmed njenih republik, je bil samostan zaprt.

V 80. letih prejšnjega stoletja, ko so Sovjeti napadli in zasedli Afganistan, je bilo območje namenjeno vojaškemu urjenju in je bilo uporabljeno za strelišče, kar je imelo za posledico poškodbe na edinstvenih stenskih poslikavah. Šele neodvisnost Gruzije leta 1991 je prinesla boljše čase, a tudi tokrat ni šlo gladko, saj je gruzijska vojska leta 1996 znova izkoristila območje za vojaške vaje, a se je po odločnem protestu aktivistov premislila in leto dni pozneje odšla.

Del območja samostanskega kompleksa leži na azerbajdžanski strani meje in je še vedno predmet spora med obema državama od njune samostojnosti dalje. Problem izvira iz razmejitve v Sovjetski zvezi, ki so jo nato podedovale neodvisne države, nastale na ozemlju nekdanjih republik. Številni pogovori za rešitev spora do zdaj še niso obrodili sadov. Nekateri na azerbajdžanski strani so predlagali skupno upravljanje kompleksa, kar pa ni všeč gruzijski strani, ki si želi nadzor nad celotnim območjem.

Danes so samostani Davida Gareje priljubljena turistična točka in poleg tega tudi romarsko središče za gruzijske vernike. Nekateri prihajajo tudi v prepričanju v zdravilne lastnosti kraja.