Strokovni direktor bi vodil strokovno ter raziskovalno in izobraževalno delo zavoda. Odgovoren bi bil za strokovnost dela zavoda, za uresničevanje strokovnega razvoja in raziskav ter strokovnega povezovanja z drugimi zdravstvenimi zavodi doma in v tujini, je razvidno iz predloga sprememb sklepa o ustanovitvi NIJZ-ja. Glede na vladni predlog pa bi sedanji direktor postal generalni direktor zavoda.

Z uvedbo položaja strokovnega direktorja NIJZ-ja bi nastale finančne posledice v višini stroškov zaposlitve. Glede na podatke za uvrstitev strokovnega direktorja zavoda v 56. plačni razred bi ti znašali 40.304 evrov za strošek plače od maja do decembra 2021, v letu 2022 pa 60.466 evrov. Sredstva bi zagotovili znotraj finančnega načrta ministrstva za zdravje za izvajanje javne službe na NIJZ-ju.

Za strokovnega direktorja NIJZ-ja bi lahko imenovali kandidata, ki ima med drugim specializacijo s področja javnega zdravja oz. socialne medicine, epidemiologije ali higiene oz. drugo primerljivo podiplomsko izobrazbo z naštetih področij ter ima najmanj pet let delovnih izkušenj na primerljivih delovnih mestih s področja strokovnega vodenja.

Mandat strokovnega direktorja NIJZ-ja bi trajal štiri leta, po poteku mandata pa bi bil strokovni direktor lahko ponovno imenovan. Podrobnejši pogoji za imenovanje, izvedba postopka, naloge, odgovornosti in pristojnosti ter pogoji za razrešitev strokovnega direktorja zavoda bi bili določeni v statutu.

Strokovnega direktorja bi imenovali v 60 dneh od uveljavitve sprememb in dopolnitev statuta. Do imenovanja strokovnega direktorja bi njegove naloge opravljal dosedanji direktor zavoda. Svet zavoda bi moral uskladiti statut s tem sklepom v 60 dneh od uveljavitve teh sprememb.