V zaporu bo moral odsedeti še približno 18 mesecev, saj se mu je od kazni odštelo obdobje, ki ga je prebil v priporu.

Plačati je moral tudi pet milijonov denarne kazni, sodišče pa mu je za dve leti tudi prepovedalo opravljati poklic, povezan z upravljanjem proračunskih sredstev. Višje sodišče je Šuštarja decembra leta 2004 na to kazen obsodilo zaradi sprejemanja podkupnine, pri tem pa je nekoliko zmanjšalo kazen ljubljanskega okrajnega sodišča.

Šuštar je bil aretiran v Ljubljani novembra leta 2000, ko je od podjetnika prejel 70.000 nemških mark podkupnine.