Zamuda pri uveljavljanju Lizbonske pogodbe namreč povzroča težave pri sestavi Evropske komisije v njenem prihodnjem petletnem mandatu, ki bi se predvidoma moral začeti novembra prihodnje leto.

Lizbonska pogodba predvideva spremembo sestave komisije šele leta 2014. Pogodba iz Nice, ki je trenutno v veljavi, pa predvideva zmanjšanje števila komisarjev po vstopu 27. članice v Unijo, a ne določa, kako natančno naj se to zgodi. Lizbonska pogodba namreč določa, da komisijo, imenovano med dnem začetka veljavnosti pogodbe in 31. oktobrom 2014, sestavljajo po en član komisije iz vsake članice, vključno z njenim predsednikom in visokim predstavnikom za zunanjo politiko. Od 1. novembra 2014 dalje pa se število članov komisije skupaj s predsednikom in zunanjepolitičnim predstavnikom zmanjša na dve tretjini števila držav članic, razen če Evropski svet soglasno ne odloči o spremembi tega števila.

Ker nobena od članic ne želi izgubiti mesta v komisiji, se bo za funkcije evropskih komisarjev vnel ogorčen boj, pri tem pa še ni določeno, kako bodo države članice opredelile število komisarskih mest v prihodnjem mandatu.

Poročnik: Možnost, da Slovenija izgubi komisarja bolj teoretična
Potočnik je dejal, da je možnost, da bi Slovenija izgubila svojega komisarja bolj teoretična kot praktična. Možnosti za rešitev vmesnega položaja, do uveljavitve Lizbonske pogodbe, je več, je dejal Potočnik, a komisija o njih še ne razpravlja, saj je za to prezgodaj, hkrati pa so to težavei, do katerih se morajo opredeliti predvsem drugi evropski akterji, je dejal.

Kot najverjetnejšega od scenarijev se omenja formulo 26 + 1, kar pomeni, da država, iz katere je visoki zunanjepolitični predstavnik (to funckijo zdaj opravlja Javier Solana iz Španije), v vmesnem obdobju do uveljavitve pogodbe, ne bi imela svojega komisarja, preostale pa.

Ugled komisije že načet?
Omenja se tudi možnost, da bi komisija podaljšala svoj mandat vsaj do konca leta 2009 oziroma do uveljavitve Lizbonske pogodbe, a pri tem mnogi opozarjajo, da bi to lahko ogrozilo učinkovitost in verodostojnost te in prihodnjih komisij. Po mnenju nekaterih je verodostojnost komisarjev že načeta, saj ti vse bolj skrbijo za lastni interes, kot pa za dosjeje, za katere so zadolženi. Evropska poslanka Ana Maria Gomes je, sklicujoč se na odhod komisarja iz Velike Britanije, Petra Mandelsona, dejala, da komisarji odhajajo kot po tekočem traku.