Med letoma 2002 in 2004 železnice niso obračunavale davka na dodano vrednost od prihodkov iz gospodarskih javnih služb. Vodstvu SŽ-ja je nadzorni svet naložil pripravo novega poročila za omenjeno obdobje, nadzorniki pa bodo o svojih ugotovitvah seznanili vlado, računsko sodišče in tožilstvo.

Nekdanji direktor SŽ-ja Blaž Miklavčič je ugotovitve označil za smešne in meni, da je bila revizija namenjena diskreditaciji delovanja SŽ-ja v času, ko je ta dejansko posloval pozitivno.