Zavod je leta 2003 ustanovila Slovenska škofovska konferenca, ki bo z vladnim sklepom postala njegova soustanoviteljica, ustanoviteljica muzeja pa bo po njem država. S sprejetjem sklepa je vlada izpolnila pogoje za ureditev pravnega statusa muzeja posebnega pomena, vzpostavili pa bodo tudi zakonito in redno financiranje javne službe muzeja. Na nepravilnosti pri zdajšnjem načinu financiranja je namreč na podlagi inšpekcijskega nadzora opozorilo ministrstvo za finance.

Muzej krščanstva naj bi prevzel vse zaposlene dozdajšnjega Slovenskega verskega muzeja, njegovega direktorja pa bo na podlagi javnega razpisa in predhodnega mnenja sveta zavoda imenoval minister za kulturo.

Začetki segajo v 80. leta
Prvega zaposlenega je prihodnji Muzej krščanstva sicer dobil že leta 1991, ko je bilo v Stični ustanovljeno Društvo prijateljev Slovenskega verskega muzeja, ministrstvo za kulturo pa je pomagalo pri zaposlitvi prvega kustosa. Razstavni eksponati so se ob podpori samostana in nadzoru spomeniškovarstvene službe zbirali že od 80. let 20. stoletja, ko sta se iz dela cistercijanskega samostana v Stični izselili osnovna šola in gimnazija.

Okoli 30 muzejskih zbirk
Prvi od zdaj več kot 17.000 evidentiranih eksponatov so bili zbrani in razstavljeni na ljubiteljski osnovi. Zdaj so na ogled postavljeni na stalni in več občasnih razstavah, ki med drugim vključujejo ogled starih meniških delavnic, spominske sobe zeliščarja patra Simona Ašiča, galerije akademskega slikarja patra Gabrijela Humeka, zbirk sakralne umetnosti in slovenske ljudske pobožnosti in spominske sobe misijonarja Friderika Barage. V muzeju posebej opozarjajo na stalno razstavo o zgodovinski krščanstva na Slovenskem, ki je leta 2003 prejela muzeološko Valvasorjevo priznanje in občinsko nagrado. Okoli 30 muzejskih zbirk si vsako leto ogleda okoli 20.000 domačih in tujih obiskovalcev.