Gehryjev parner pri tem projektu Craig Webb je (morda prezgodaj) odločitev pojasnil z namigom, da gre za politično preveč občutljivo temo - a kmalu nato se je, čeprav prej vsega skupaj ni hotel komentirati, oglasil še sam Gehry, ki je taka in podobna namigovanja odločno zavrnil. To je potrdilo tudi vodstvo Centra Simona Wiesenthala, ki nadzira gradnjo muzeja - Gehry menda ni odstopil, ampak je bil odpuščen. Za drugega arhitekta se bodo odločili "v skladu s trenutnim položajem v gospodarstvu" (beri: Gehry je preprosto predrag - je pa "projektu, ki je ključnega pomena", tudi v prihodnje zaželel vso srečo). Neuradno: od Gehryja so zahtevali, da zmanjša stroške projekta, ki so prilezli do 175 milijonov evrov, na koncu pa niso dosegli soglasja.

Jabolko spora: starodavno muslimansko pokopališče
Muzej strpnosti naj bi postavili namesto parkirišča na 30 tisoč kvadratnih metrih v srcu mesta, kjer je bilo nekoč starodavno muslimansko pokopališče Mamilla (muslimanske organizacije so se oglasile, da bi to pomenilo oskrunitev njihove svete zemlje - čeprav tam ni bil nihče več pokopan že od leta 1920). Vrhovno sodišče je gradnji dalo zeleno luč z nenavadno utemeljitvijo: leta 1960, ko so čez pokopališče zgradili parkirišče, se ni nihče pritožil.

Ne samo na napačnem mestu, ampak tudi ... neprimeren?
Tudi župan Jeruzalema Nir Barkat je projekt podprl brez kakršnih koli zadržkov ("prizorišče gradnje se mi ne zdi problematično, to sploh ni vprašanje"), prejšnji podžupan mesta Meron Benvenisti pa se s tem ni niti najmanj strinjal - ideja se mu je zdela neskončno "blodna, arbitrarna, tuja in megalomanska". Oglasili so se tudi številni drugi: izraelski akademiki, javne osebnosti iz kulturnega življenja, ortodoksni voditelji in številni ameriški rabini - vsi so se Muzeju strpnosti ostro zoperstavili. Več uglednih britanskih arhitektov je podpisalo peticijo proti gradnji, češ da bi gradnja pomenila "udarec za miren soobstoj v mestu".

Tisti, ki jih ni zmotila lokacija načrtovanega muzeja, so se pritoževali nad njegovo futuristično zasnovo, ki naj bi bila v prevelikem nasprotju s celovito podobo starodavnega mesta oziroma, natančneje, četrti Nahalat Šiva (ki ji je pred leti že grozilo, da jo bodo porušili in nadomestili s stolpi. Neki kritik je pripomnil tudi, da muzej iz titana in stekla, če ga bi zgradili po Gehryjevem načrtu, "ne bi ravno sodil med njegove najveličastnejše stvaritve".

Strpnost?
Oglasili so se tudi iz Muzeja holokavsta v Jeruzalemu, ker ne želijo, da bi muzej načenjal temo genocida, ki so ga nad Judi med drugo svetovno vojno izvajali nacisti. V javnosti so se pojavili tudi komentarji, da bi muzej, ki bi dokumentiral judovske običaje in odnose Izraela z arabskimi deželami, zaznamovalo vse kaj drugega kot pojem strpnosti.

Šimon Šamir, vodja Inštituta za diplomacijo in regionalno sodelovanje na univerzi v Tel Avivu se je z Gehryjem v Los Angelesu sešel že pred dvema letoma in ga skušal odvrniti od sodelovanja. "Razložil sem mu, kako velika napaka bi to bila in da upam, da muzej nikoli ne bo zgrajen," Šamirja povzema revija Tablet.