Umetnik je ustvarjal zlasti svetle, ekspresionistične podobe, likovni kritiki pa so ga pogosto opisovali kot slikarja domišljije in pravljičnega sveta. Pedersen je januarja Narodni galeriji v Koebenhavnu podaril 15 oljnih slik in 25 akvarelov, ki jih je ustvaril med 50. in 80. leti. Z ženo Else Alfelt, ki je bila prav tako članica skupine COBRA (akronim za Koebenhaven, Bruselj in Amsterdam), sta leta 1976 mestu Herning podarila 1.200 slik, za katere so zgradili poseben muzej.

Odmik od klasičnih umetniških načel
Pedersen sodi v tisto skupino danskih slikarjev, ki se je konec 30. let odmaknila od naturalistične slikarske šole in začela ustvarjati nove ekspresionistične podobe. Umetniki so pozneje v okviru skupine COBRA vzpostavili stike tudi z mednarodnimi umetniškimi centri. Carl-Henning Pedersen sodi med vodilne člane skupine, njegova umetnost pa je močno vplivala na preostale člane.

Barviti sanjski svet
Z izjemnim občutkom za učinkovitost barve je ustvarjal izvirne fantazijske in pravljične podobe. Gledalca popelje v svet nenavadnih bitij, čudaških konjev in ptic, ki letijo v rdečo zarjo ali proti zlati zvezdi. Na nebu se kot nekakšne vizije izrisujejo oddaljeni stolpi in pravljični kraji. Osrednji poudarek pa njegovim slikam ne dajejo sanjska bitja, ampak prav barvitost, ki jih oživlja. Pedersenu je barva pomenila skrivnostno in privlačno silo, očarljivi vir novega odkritja in veselja.

Od impresionistov do ljudskega izročila
Na umetnost v Koebenhavnu rojenega umetnika so sprva vplivala dela Kleeja in Picassa, pozneje pa so ga navduševali Monet in neoimpresionisti. Svoje pisanje je usmeril v srednjeveške spomenike in sakralno arhitekturo danskega otoka Sjælland, precej pozornosti pa je pri njem pritegnilo tudi ljudsko izročilo različnih narodov, s katerim se je spoznal ob svojih številnih potovanjih po južni Evropi in drugod po svetu.