Kržišnik je bil pobudnik in organizator Mednarodnega grafičnega bienala v Ljubljani, ki je svoj vrata prvič odprl leta 1955, do leta 2000 je bil tudi vodilni človek bienala, kot direktor Moderne galerije pa je ustanovo vodil med letoma 1947 in 1986.

Kržišnik je kot prireditelj številnih mednarodnih grafičnih razstav in tudi z udeležbo v mednarodnih žirijah pripomogel k uveljavljanju slovenske grafike v svetu, prav tako pa je slovenske umetnike predstavljal v izčrpnih monografijah in razstavnih katalogih (Boris Kalin, Riko Debenjak, Janez Bernik, Lojze Spacal ...).

Nastanek grafičnega bienala
O grafičnem bienalu oz. o organizaciji mednarodne razstave pri nas se je prvič začelo razmišljati leta 1952. Prav Zoran Kržišnik, tedaj je bil pomočnik direktorja Narodne in moderne galerije, pa je bila tisti, ki idejo prvi glasno izrazil in uspel navduštiti Zorana Mušiča, pomembnega predstavnika pariške likovne šole, ki je kot mož z veliko vezmi v likovnem svetu obljubil vso pomoč.

Kot je obljubil je skupaj z drugim Slovencem v Parizu Venom Pilonom, 'nabral' grafične liste, ki so tvorili kakovostno jedro razstave. Ko je Kržišnik začel razmišljati o mednarodnem likovnem dogodku v Ljubljani, še ni vedel, da bo ta dogodek privzel vsebino grafične razstave.

V Ljubljano je želel le pripeljati velika imena svetovne umetnosti. Da bo razstava grafična, so odločili predvsem gospodarski in tehnični razlogi, zaradi katerih se je grafika izkazala za najboljšo odločitev. Natisnjene v več izvodih so namreč grafike manj dragocene, manj zahteven je tudi njihov prevoz in manj preciznosti zahteva ureditev razstavnega prostora.