Prva ladja, ki je uradno prečkala prekop, je bila SS Ancon, ki je pot opravila 15. avgusta 1914, zanjo pa porabila 9 ur in 40 minut. Prekop, ki je ključni člen mednarodne pomorske trgovine v Latinski Ameriki, saj predstavlja stičišče kar 144 pomorskih poti, vsako leto prečka blizu 15.000 ladij, ki za to potrebujejo od osem do deset ur.

Pri gradnji prekopa je samo v sklepni gradbeni fazi, med letoma 1904 in 1913, sodelovalo več kot 56.000 ljudi iz več kot 30 držav. Žal pa je izvedba tega izjemno zahtevnega projekta zahtevala tudi visoko ceno: med celotno gradnjo, ki je trajala dobrih 30 let, je umrlo več kot 27.000 delavcev, največ v prvi gradbeni fazi, ki so jo vodili Francozi, ko jih je umrlo okoli 22.000, pozneje v "ameriški" gradbeni fazi pa še slabih 6.000.

Skozi prekop ladje prečkajo Panamo in se tako izognejo več kot 30.000 kilometrov dolgi poti, ki bi jo morale opraviti okoli Južne Amerike. Za primer: ladja na poti iz New Yorka v San Francisco skozi prekop prepluje 9.500 kilometrov, za pot okoli rta Horn, najjužnejše točke južnoameriške celine, pa bi morala prepluti 22.500 kilometrov.

Stoletja medenja idej o prekopu
Prve ideje o iskanju poti, ki bi poenostavila prehod do Južne Amerike, so se pojavili že leta 1534, ko je Karel V. Habsburški, španski kralj in cesar rimskega imperija, ukazal podanikom, naj proučijo možnost, kako bi lahko olajšali ladjam pot med Španijo in Perujem, s čimer bi špansko kraljestvo pridobilo veliko prednost pred tekmeci Portugalci. V poznejših stoletjih so se potem večkrat pojavili visokoleteči načrti o trgovski poti, ki bi povezala oba oceana, a so zaradi zahtevnih naravnih danosti vsi načrti obtičali na papirju.

A ne za dolgo: sredi 19. stoletja je odkritje zlata v Kaliforniji znova obudilo sanje o prekopu, ki bi povezoval Atlantski in Tihi ocean, v igri pa je bilo več mogočih poti, tudi čez Nikaragvo. Leta 1855 so potem odprli panamsko železnico, ki je bila tedaj ključna infrastruktura, saj je olajšala trgovino in hkrati tudi določila, skozi katero ožino bo potekala pot, ki bo povezala oceana.

Prvi so v težek oreh gradnje zagrizli Francozi, potem ko so leta 1879 na mednarodnem kongresu v Parizu delegati izbrali prekop skozi Panamo, v igri pa sta bila še načrta o prekopu skozi Tehuantepeško ožino v Mehiki in Nikaragvo. Prekop skozi Panamo sta dve leti prej
predstavila francoska inženirja Armand Reclus in Lucien Napoleon Bonaparte Wyse.

Po uspešni gradnji Sueškega prekopa so Francozi s Ferdinandom de Lessepsom, ki je bdel že nad gradnjo Sueškega prekopa, začeli uresničevati načrt, ki je predvidel prečkanje ožine. De Lesseps je prva izkopavanja v takrat kolumbijski pokrajini Panami začel leta 1880, prva dela za prekop pa so začeli 1. januarja 1882.

Med delavci kosile malarija in druge bolezni
Cilj Francozov je bil zgraditi prekop na višini morske gladine, in sicer brez zapornic, a so zaradi številnih inženirskih težav in številnih smrti delavcev obupali. Malarija, rumena mrzlica in številne druge tropske bolezni so bile namreč usodne za več kot 20.000 delavcev, ki so umirali tudi v številnih delovnih nesrečah. Še dodatno oviro so predstavljale izjemno visoke temperature in obilne padavine.

Leta 1889 so Francozi po velikih finančnih težavah vrgli puško v koruzo in dela so, končani sta bili dve petini, obstala. Leta 1894 je bilo potem ustanovljeno novo francosko podjetje, ki naj bi nadaljevalo gradnjo, a tudi to projekta ni končalo in ga je dalo na prodaj za 109 milijonov dolarjev. Američani, ki so v tistem obdobju proučevali možnost gradnje svojega prekopa skozi Nikaragvo, so Francoze stisnili v kot: ali jim za 40 milijonov dolarjev prodajo pravico za Panamski prekop ali pa zgradijo svojega. Dela, do takrat so Francozi izkopali že 59.747.620 kubičnih metrov skal in zemlje, so tako potem leta 1904 nadaljevali Američani.

Panamci za 10 milijonov predali prekop Američanom
Takratni ameriški predsednik Theodore Roosevelt je v zameno za gradnjo prekopa panamskim upornikom obljubil pomoč pri osamosvojitvi od Kolumbije - Panama je bila namreč takrat pod kolumbijsko oblastjo. 2. novembra 1903 so potem ameriške bojne ladje zaprle pomorske poti in tako preprečile kolumbijskim silam premik v boju proti upornikom, dan pozneje je Panama razglasila neodvisnost, že čez tri dni pa je Panama z ZDA v zameno za 10 milijonov dolarjev podpisala dogovor Hay-Bunau-Varilla, ki je ZDA podelil pravice za gradnjo in upravljanje Panamskega prekopa. Ameriški manever glede tega še danes velja za enega tipičnih primerov ameriške ustrahovalne politike v Latinski Ameriki. Panama je bila potem do leta 1939 ameriški protektorat.

Končno izboljšanje delovnih razmer
Američani so dela nadaljevali leta 1904. Da bi izboljšal delovne razmere, je eden izmed vodij projekta, samoizučeni inženir John Frank Stevens zgradil številne hiše, gostilne, hotele, delavnice in drugo infrastrukturo za potrebe tisočev delavcev, polkovnik William C. Gorgas pa je uvedel številne ukrepe v boju proti širjenju nalezljivih bolezni: tlakovanje ulic v Panami in Colonu, gradnjo sanitarnega sistema, namestitev mrež proti komarjev, fumigacijo vseh hiš in druge.

Sprva so tudi Američani nameravali zgraditi prekop na višini morske gladine, a so poznejše študije pokazale v korist oblikovanja sistema zapornic, s katerim bi ladje dvignili skoraj 30 metrov nad gladino. Zaradi tega so zgradili Gatunski jez in Gatunsko jezero, ki sta bila takrat največja umetni jez in jezero na svetu. Med letoma 1907 in 1913 so delavci izkopali kar za 153 milijonov kubičnih metrov skal in zemlje, pri čemer so bila najzahtevnejša dela tista, ki so jih opravili na območju Culebra Cut.

Stevens je leta 1907 odstopil kot vodja projekta, nasledil pa ga je major George Washington Goethals, pod čigar nadzorom so potem prekop, 401 leto po tem, ko je Panamo prvi prečkal Vasco Nunez de Balboa, le dokončali. Američane je gradnja stala skoraj 375 milijonov takratnih dolarjev oz. današnjih skoraj 9 milijard dolarjev.

Prekop je uradno prva 15. avgusta 1914 prečkala tovorna ladja SS Ancon, že med deli pa je pot nekaj mesecev prej uspešno opravil Alexander La Valley. Njegov zvonec je ogled tudi na razstavi, ki so jo pripravili ob 100. obletnici prekopa v Mirafloresu na obrobju Panama Cityja.

Že kmalu načrti o širitvi prekopa
Že po nekaj letih uspešnega delovanja prekopa je postalo jasno, da bo treba okrepiti zaloge vode, zato so sredi 30. let zgradili jezero Madden, nekaj let pozneje pa se je začela tudi gradnja novih zapornic, s katerimi so Američani želeli omogočiti prečkanje prekopa večjim ameriškim bojnim ladjam, a so po koncu 2. svetovne vojne projekt opustili.

V tem času so se odnosi med Panamo in ZDA močno poslabšali. Panamci, razjarjeni, da je prekop v lasti ZDA, so svoj gnev večkrat izrazili na protestih in zahtevali, da jim ZDA predajo nadzor nad prekopom. Nemiri so vrhunec doživeli leta 1964, ko je v protestih umrlo okoli 20 Panamcev in več ameriških vojakov. 7. septembra 1977 sta takratni ameriški predsednik Jimmy Carter in panamski voditelj Omar Torrijos podpisala dogovor, v skladu s katerim so Panamci dobili nadzor nad prekopom, pod pogojem, da Panama zagotovi trajno nevtralnost prekopa. Dogovor je začel veljati 31. decembra 1999, ko je Panama v celoti prevzela nadzor nad prekopom.

Kako dejansko ladja prečka prekop?
Sam prekop, ki je dolg 77,1 kilometra, poteka v smeri severovzhod-jugozahod in ga sestavlja več umetnih jezer in sklopov zapornic. Ladja, ki pripluje iz Atlantskega oceana, najprej vstopi v zaliv Limon, ki je dolg slabih 9 kilometrov, potem pa se približa 2 kilometra dolgemu sistemu zapornic v Gatunu: tam ladjo dvignejo na višino umetnega Gatunskega jezera, 26,5 metra nad morsko gladino. Ladja potem nadaljuje pot 24,2 kilometra po ožini in po reki Chagres do Culebre Cuta ter naprej do 1,4 kilometra dolgih zapornic Pedro Miguel. Tam jo začnejo znova spuščati do jezera Miraflores (16,5 metra nadmorske višine), kjer potem sledi nov sistem dvonivojskih zapornic Miraflores, dolgih 1,7 kilometra, kjer se potem ladja znova spusti na raven morske gladine. Ladjo skozi same zapornice vlečejo lokomotive, ki so nameščene tik ob zapornicah. Ladja potem pot nadaljuje v pristanišču Balboa, kjer se železnica znova sreča z morskim prometom, in od tam prek mosta Amerik (Bridge od the Americas) vstopi v Tihi ocean.

Panamax - največje ladje, ki prečkajo prekop
Ravno zaradi Panamskega prekopa so številne ladje zgrajene ravno v najvišjih merah, ki še omogočajo njegovo prečkanje in so znane pod imenom Panamax. Največja ladja, ki je kdaj prečkala prekop, je bila ladja San Juan Prospector (zdaj znana pod imenoma Marcona
Prospector): dolga je bil kar 296,57 metra.

Svetovna trgovina se razvija zelo hitro, konkurenca v pomorskem prometu pa je izredno ostra. Že pred petimi leti je bila skoraj polovica ladij, ki so prečkale prekop, maksimalno velikih za to, v prihodnje pa strokovnjaki predvidevajo, da bo prekop izgubljal tržni delež ravno zaradi tega, ker bo vse več ladij prevelikih za prečkanje. Leta 2006 so Panamci na referendumu prižgali zeleno luč za gradnjo tretjega sklopa zapornic, ki bi omogočili podvojitev zmogljivosti prekopa.

Sredi 2015 odprtje razširjenega prekopa
Vrednost širitve prekopa je ocenjena na 5,25 milijarde dolarjev, finančno pa so v projekt vključene finančne ustanove z vsega sveta, med njimi je tudi Evropska investicijska banka, ki je prispevala 500 milijonov dolarjev. Po prvotnih načrtih bi moral biti projekt širitve, ki se je začel septembra 2007 in ki je prinesel 30.000 delovnih mest, končan že letos, a dela še niso končana. Novi rok je junij 2015. Samo za gradnjo novih zapornic bo skupno potrebnih 4,3 milijona kubičnih metrov betona.

Panamski prekop je eden ključnih stebrov panamskega gospodarstva, saj prihodki od prečkanja ladij oz. voznin pomenijo dobrih 7 odstotkov BDP-ja, zaposluje pa 10.000 delavcev. Največ blaga so prek prekopa prepeljali leta 2012, in sicer 333 milijonov ton, do leta 2025 pa naj bi ta številka presegla 510 milijonov ton. Takrat naj bi prihodki od prekopa presegli 6 milijard dolarjev letno.