Agencija bo imela za eno glavnih nalog okrepitev nadzora nad ulovom v evropskih morjih. Državni sekretar na kmetijskem ministrstvu Franci But je menil, da bo z oblikovanjem agencije EU-ja na področju ribolova uvedel več reda.

Po podatkih Organizacije ZN-a za prehrano in kmetijstvo (FAO) kar tretjina ribolova poteka na črno, kar še dodatno zmanjšuje ribji fond. Tudi zaradi ribolova tujih ladij v Sredozemskem in Jadranskem morju so nekatere ribje vrste tik pred izumrtjem.