Zaradi stvari, ki jih ljudje odvržejo v kanalizacijo, pogosto pride do zamašitve črpalk v čistilnih napravah. Zaradi odmetavanja hrane v kanalizaciji se tam zaredijo podgane, s katerimi imajo upravljavci potem velike težave. Maščobe delajo obloge na omrežju in v kanalizaciji povzročajo težave pri čiščenju.

Ker v čistilnih napravah poteka še en pomemben proces, to je razgrajevanje snovi, ki ga opravljajo mikroorganizmi, zato v kanalizacijo ne smemo zlivati nevarnih snovi, kot so barve, topila, škropiva in zdravila. Mikroorganizmi so za čiščenje zelo pomembni, njihova smrt pa pomeni, da učinki čiščenja niso ustrezni. Poleg tega pa vsako izpuščanje snovi, ki ne sodijo v kanalizacijo, podraži čiščenje odpadnih voda in obdelavo ter odlaganje blata, kar na koncu plačamo porabniki.

Da je kanalizacija izjemno pomembna, so se zavedali že stari Rimljani. V srednjem veku so fekalno vodo metali kar v jame pod hišami ali na ulico in upali, da bo dež čim prej vse odplaknil. Kje še danes uporabljajo del kanalizacije, ki so jo zgradili že Rimljani, pa si poglejte v Ekoutrinkih na TV SLO 1 ob 19.40.