Tega so mu takoj odstranili, leta 2001 pa so odkrili domnevne metastaze na pljučih, ki so jih nato našli tudi na jetrih. Predsednik je za tednik Nacional dejal, da je januarja 2005 opravil preiskave in da izboljšanja ni bilo, metastaze so se spet povečale.

Od takrat ni imel stikov ne z zdravniško ekipo v Ljubljani ne z alternativno medicino. Kot je dejal, je bolezen izbrisal iz svoje glave.

Na uradu predsednika republike so potrdili poročanje hrvaškega Nacionala, a
podrobnosti o zdravju predsednika Janeza Drnovška niso posredovali.