Ustavno sodišče je v obrazložitvi poudarilo, da je državno tožilstvo kot del izvršilne oblasti v razmerju do drugih organov izvršilne oblasti samostojno, v razmerju do zakonodajne in sodne oblasti pa neodvisno.

Kot je navedlo, je ustavni položaj državnega tožilstva treba upoštevati pri odrejanju in izvajanju parlamentarnih preiskav. V zakonodaji ni predvideno sodno varstvo, pravno sredstvo ali drug učinkovit postopek, s katerim bi bilo mogoče preprečiti parlamentarne preiskave, ki protiustavno posegajo v neodvisnost državnih tožilcev, čeprav je obstoj takega postopka ključnega pomena za delovanje pravne države, varovanje človekovih pravic ter za neodvisno, nepristransko in pošteno sojenje.

Ustavno sodišče je presodilo, da bi bilo mogoče tak postopek urediti v skladu z ustavnim sistemom delitve oblasti in na način, ki ne bi ogrožal učinkovitega izvajanja parlamentarnih preiskav.

Glede na navedeno je ugotovilo, da sta izpodbijana zakon in poslovnik v neskladju z ustavo, državnemu zboru pa naložilo, naj ugotovljeno protiustavnost odpravi v enem letu po objavi v uradnem listu. Hkrati je določilo, da je do odprave ugotovljene protiustavnosti o skladnosti akta o odreditvi parlamentarne preiskave z ustavno zagotovljeno neodvisnostjo državnih tožilcev pristojno odločati ustavno sodišče na zahtevo generalnega državnega tožilca.

V nadaljevanju odločbe je ustavno sodišče še ocenilo, da je izpodbijani akt o odreditvi parlamentarne preiskave v zadevi Franc Kangler in drugi v delu, v katerem se nanaša na presojo pravilnosti konkretnih odločitev ali ravnanj državnih tožilcev in ugotavljanje odgovornosti tožilcev za take odločitve ali ravnanja, prav tako v neskladju z neodvisnostjo državnih tožilcev. Zato ga je v tem obsegu razveljavilo.

Odločitev o neskladnosti zakona o parlamentarni preiskavi in poslovnik o parlamentarni preiskavi z ustavo je ustavno sodišče sprejelo s šestimi glasovi proti enemu. Proti je glasoval sodnik Klemen Jaklič. Izrek o razveljavitvi akta o odreditvi preiskave v zadevi Franc Kangler pa je sprejelo s petimi glasovi proti dvema. Proti sta glasovala sodnika Jaklič in Marko Šorli. Jaklič je dal delno pritrdilno, delno odklonilno ločeno mnenje.