Opozicija je zahtevala, da se iz besedne zveze cerkve in druge verske skupnosti črta besedo cerkve ter da se zahtevano število članov za registracijo skupnosti zmanjša s 100 na 25. Oba predloga, kot tudi več kot 80 drugih dopolnil, je bilo zavrnjenih.

Opozicijski LDS, SD in SNS ter koalicijski DeSUS so si prizadevali tudi za drugačno financiranje verskih skupnosti. Menijo, da predlagani zakon ohranja vse, kar verske skupnosti postavlja v neenakopraven položaj.

Po vladnem predlogu bi bili prispevki za socialno varnost uslužbencev registriranih cerkev in verskih skupnosti kriti iz proračuna. Prispevek naj bi znašal 21,86 odstotka. Kriterij za pridobitev teh sredstev bi bil 1.000 pripadnikov posamezne cerkve ali verske skupnosti na enega verskega uslužbenca.

Sašo Peče iz SNS-a je na začetku junija predlagal ministru Andreju Bajuku, naj se po nemškem vzoru uvede cerkveni davek. Tako naj bi bile "verske institucije izpuščene iz izdatkovnega dela proračuna, s čimer bi zadostili ustavni določbi o ločenosti države od verskih skupnosti".

LDS-ov predlog se je zgledoval po italijanski in španski ureditvi. Državljani bi se po njem prostovoljno odločali, ali bodo prispevali del dohodnine za financiranje verskih skupnosti. Po besedah poslanca LDS-a Aleša Guliča je predlog bistveno boljši kot dodatni cerkveni davek.

Predstavnica zakonodajnopravne službe DZ-ja Miroslava Palhartinger je opozorila na nekatere nedoslednosti, saj naj bi bila opredelitev pristojnega organa nedorečena. Uporabniki naj na podlagi predloga ne bi mogli razbrati, na kateri organ se lahko obrnejo v zvezi z registracijo verskih skupnosti in drugimi vprašanji verske svobode.