Elsner se je izkazal na klopi Domžal, avgusta 2013 je na mestu glavnega trenerja nasledil Stevana Mojsilovića. Vse do 2. septembra 2016 je izjemno uspešno vodil Domžalčane in jih popeljal tudi v tretji predkrog Evropske lige, kjer pa je bil boljši West Ham. Sledila je selitev k Olimpiji, kjer pa mu ni šlo po načrtih. 9. marca 2017 ga je po dveh zaporednih porazih zamenjal Marijan Pušnik.

Večji del kariere je Elsner igral za Domžale v Prvi ligi, kjer je med letoma 2004 in 2012 odigral 227 prvenstvenih tekem in dosegel pet golov.

Union Saint-Gilloise so ustanovili pred 120 leti, na začetku prejšnjega stoletja pa je veljal za zelo uspešen belgijski klub, ki je enajstkrat osvojil belgijsko prvo ligo, osemkrat je bil drugi. V zadnji sezoni se je komaj izognil izpadu v tretjo ligo.