Novotna, znana po svoji napadalni igri servis-volej, je v 14-letni poklicni karieri osvojila 24 turnirjev med posameznicami in kar 76 med dvojicami. Na lestvici WTA je bila med posameznicami najvišje na drugem mestu.

Svoj največji trenutek v karieri je dočakala leta 1998, ko je v finalu Wimbledona v dveh nizih odpravila Francozinjo Nathalie Tauziat in pri 29 letih in 9 mesecih postala najstarejša igralka, ki ji je prvič uspelo osvojiti turnir za grand slam med posameznicami. Pred tem je v finalu Wimbledona klonila dvakrat. Leta 1993 je proti Steffi Graf vodila že s 4:1 v tretjem nizu, a je izgubila pet iger zapored. Leta 1997 jo je premagala Martina Hingis.

Vsaj v polfinalu je med posameznicami igrala na vseh štirih turnirjih za grand slam. V dvojicah je osvojila 12 turnirjev za grand slam, v mešanih pa še štiri.

Novotna je osvojila tri olimpijske medalje. Leta 1988 in 1996 srebrni med dvojicami ter leta 1996 bronasto med posameznicami. S Češko je leta 1988 osvojila Pokal Fed.

Leta 2005 je bila sprejeta v teniško hišo slavnih.