Lokalne nevladne organizacije , ki bi morale volitve opazovati, pa kljub dovoljenju volilne komisije niso smele na volišča. Dovoljenje za spremljanje glasovanja na voliščih so dobile dve uri po odprtju volišč, kar pa ni preprečilo besa nekaterih, ki so opazovalce celo pretepli. Prvi izidi bodo znani v petek zvečer.

Če nobeden izmed kandidatov ne bo dobil potrebne 50-odstotne večine, bo drugi krog volitev 17. septembra. Volišča se bodo zaprla ob 21. uri po srednjeevropskem času.

Volilna udeležba naj bi bila višja na na podeželju, medtem ko je bila v mestih dokaj nizka. Višjo udeležbo so v mestih zaznali v poznih popoldanskih urah, ko so se ljudje vračali z dela.

Z nekaterih volišč so poročali tudi o drugih nepravilnostih. Med drugim naj bi na nekatera volišča volivce vozili kar v vladnih avtomobilih. Volivci so nato javno izpolnili listke. Volilna komisija pa je vse očitke o nepravilnostih zavrnila.

Nad potekom volitev so zaskrbljenost že izrazile ZDA, saj so menile, da bi morali biti na voliščih tudi mednarodni opazovalci.

Mubarak nesporni favorit
Edini resni favorit za zmago je dozdajšnji predsednik, 77-letni Hosni Mubarak, ki Egipt vodi zadnjih 24 let in se poteguje že za peti zaporedni mandat. Svoj glas je oddal v spremstvu družine.

V predvolilni kampanji je obljubljal predvsem nova delovna mesta, medtem ko so se njegovi glavni tekmeci iz desno- in levosredinskega pola obljubljali predvsem boj proti revščini, korupciji in ustrahovanju. Opozicija trdi, da je bila v predvolilni kampanji prikrajšana, saj so mediji večinoma poročali le o kandidaturi dozdajšnjega predsednika.

Na volitvah niso sodelovali predstavniki Muslimanske bratovščine, največje opozicijske skupine v državi, saj niso organizirani v stranki. Na volitvah se namreč lahko za predsedniški položaj potegujejo le vodje političnih strank.