64-letnega Baširja obtožujejo izdaje in poskusa atentata na predsednico Megavati Sukarnoputri, ko je bila ta še podpredsednica. Bašir naj bi organizacijo Džamaja Islamija uporabljal za vzpostavitev skrajne islamske mreže, ki je med letoma 1993 do 2001 poskušala strmoglaviti vlado. Obtožbe ga bremenijo tudi odobritve napadov na cerkve po Indoneziji leta 2000, v katerih je bilo ubitih 19 ljudi.

Džamajo Islamijo obtožujejo še odgovornosti za napad pred hotelom v Džakarti prejšnji teden, v katerem je umrlo 11 ljudi.