Šenuda je bil leta 1971 po smrti papeža Kirila izvoljen za aleksandrijskega papeža in patriarha Koptske pravoslavne cerkve, ki je ena najstarejših cerkva na svetu in ima okoli deset milijonov vernikov. Kopti v Egiptu predstavljajo od šest do deset odstotkov prebivalstva.

Papež Šenuda je bil v zadnjih letih priča napadom na pripadnike Koptske cerkve v Egiptu in je egiptovske oblasti pozival, naj naredijo več za zaščito pravic največje krščanske manjšine na Bližnjem vzhodu.

Papežev politični svetovalec Hani Aziz je povedal, da je Šenuda umrl zaradi težav z zdravjem in visoke starosti. Po zdravljenju v tujini se je pred kratkim vrnil v Egipt.

V času predsednikovanja Anvarja Al Sadata je padel v nemilost oblasti in se je moral po predsednikovem ukazu umakniti v samostan v Nitrijski puščavi na severu Egipta, od koder mu je dovolil oditi Sadatov naslednik Hosni Mubarak.