Konflikt med Mesićem in Cerkvijo je v hrvaški javnosti stalen in odkrit dialog. Mesić Cerkvi očita, da se stalno vmešava v dnevnopolitične razprave, Cerkev pa mu zameri omalovaževanje bleiburških žrtev in poveličevanje partizanstva. Pred kratkim je glasilo zagrebške nadškofije Glas Koncila je Mesića obtožilo, da je veleizdajalec, ob tem pa so se spraševali, ali je predsednik psihično dovolj stabilna oseba, da lahko opravlja svojo funkcijo.

Mesić je v intervjuju za Jutarnji list že odgovoril: "To je neokusno. Danes sem jaz na tem mestu, jutri bo nekdo drug, potem pa se najde neki mali župnik, ki deli takšne nasvete. To je nadalje neokusno tudi za prebivalce te države, ki so izvolili predsednika države, in nenazadnje za samo Cerkev. Med nami mora obstajati civilna komunikacija ..."

Na novinarsko vprašanje glede njegovega spora s Cerkvijo pa je odgovoril, da "ni z nikomer v sporu", saj le želi izvajati zakone Republike Hrvaške in ustave. "Za Hrvaško bi bilo najbolj nevarno, da jo zajame, drznil bi si uporabiti izraz, svojevrstna 'talibanizacija'". V nadaljnem pojasnilu je dejal, da bi to le potrdilo, da želi duhovščina vladati državi, "če je tako, naj drugič kakšen škof kandidira na volitvah", je dejal.

"Nisem proti razpelom"
Od odprtega spora med Mesićem in Cerkvijo sta se umaknila premierka Jadranka Kosor in stranka HDZ, ki se nista želela opredeliti glede tega, da bi morali razpelo umakniti iz javnih institucij.

"Nisem proti razpelom. To so neumnosti. Hrvaška je sekularna, svetovna država. Nobena religija ne more imeti v državnih ustanovah svojih simbolov. Na primer, če je v vojski nekdo Jud, zakaj bi moral trpeti simbole neke druge vere? Kaj pa, če je poveljnik vojske musliman? Ali to pomeni, da bi moral s seboj prinesti polmesec ali kakšen drug verski simbol? Moja drža je načelna. V državnih institucijah ne smejo biti izobešeni verski simboli. Hrvaška ustava je natančnejša, ko pravi, da so v državnih ustanovah lahko izobešeni le državni simboli: grb Republike Hrvaške in državna zastava. Brez fotografije predsednika ali premierja države in verskih simbolov," je pojasnil Mesić.

"Vse, kar ima katoličan, imam tudi jaz"
Tako je na novinarsko vprašanje, ali je kot otrok prejel vse zakramente. "Kaj pa ima to skupnega s politiko , ki jo vodim? Jaz vodim politiko, ki uveljavlja hrvaške zakone in ustavo. To je tisto, kar želim, da ostane za menoj, ko bom odšel. Če me že vlečejo za jezik, jim pač povem malo več."

V intervjuju je še dejal, da se sicer ne bi ukvarjal s Cerkvijo, "če besede ne bi bile objavljene v Glasu Koncila. Če bi bile napisane v Lovskem vestniku, se s tem sploh ne bi ukvarjal, saj bi bila takšna revija namenjena specifičnemu občinstvu. Glas Koncila pa prejmejo v vsaki cerkvi, kar pomeni, da ga prejmejo državljani, ki berejo tovrstno literaturo," je razložil.