Stanković je prvi bosanski Srb, katerega primer je Haaško sodišče odstopilo oblastem v BiH-u, ki so ga zaradi pobojev, posilstev, zasužnjevanja in mučenja med tamkajšnjo vojno obsodilo na 20 leta zapora. Uspelo mu je pobegniti stražarjem, ki so ga iz zapora v Foči peljali k zobozdravniku, kjer ga je pred ordinacijo čakal avtomobil. Policija je v mestu in na vpadnicah takoj postavila zapore.

Med vojno v BiH-u leta 1992 je Stanković v Foči vzpostavil žensko taborišče, kjer so bile večinoma zaprte mladoletne muslimanke, najmlajša med njimi je bila stara le 12 let. Srbski vojaki so taborišče poimenovali "bordel", saj jim je Stanković dodeljeval dekleta, ki so jih nato posilili.

Stankovića je haaško sodišče septembra leta 2005 predalo posebnemu sodišču za vojne zločine v BiH-u, ki ga je novembra lani zaradi zločinov proti človečnosti obsodilo na 16 let zapora, kazen pa so mu aprila podaljšali na 20 let.