Škoda na poplavljenih vozilih je po navadi večja tudi zato, ker z umazano vodo v notranjost prodre mulj. Strokovnjaki lastnikom poplavljenih avtomobilov svetujejo, naj ne poskušajo zaganjati motorjev, ampak pokličejo vlečno službo in jih odpeljejo do servisne delavnice. Če je bilo zalitje večje, je treba avtomobil skoraj v celoti razstaviti. V potniški kabini lahko namreč voda in umazanija prodreta tudi za tapete in obloge, zmočijo se sedeži in obloga dna. Vse to je treba presušiti in očistiti, kar lahko traja kar nekaj dni, določene dele pa je treba zamenjati.

Še več škode lahko voda povzroči na električni napeljavi in elektronskih sklopih v notranjosti avtomobila, ki jih je po navadi treba zaradi obsega škode zamenjati.

Ne zaženite motorja!
Če je voda zalila motorni prostor, motorja ne zaganjamo, ker je voda verjetno prodrla tudi do akumulatorja, zaradi česar je ta uničen, ali pa lahko nastane kratki stik. Pri večjem zalitju, kjer je voda pomešana z muljem, je treba razstaviti glavo motorja in vse dele temeljito očistiti, prav tako je priporočljivo zamenjati motorno olje in hladilno tekočino, ki sta se prav tako lahko pomešala z umazano vodo.

Nekaj več upanja je za avtomobile, ki so bili zaliti le do višine oljnega rezervoarja; v takih primerih z motorjem ni večjih težav, vendar mehaniki vseeno svetujejo previdnost in vsaj preventivni pregled najobčutljivejših sklopov.

Visoki stroški popravila
Poleg tega da je odpravljanje posledic poplav na avtomobilih zahtevno in zamudno, lastnike na koncu čaka še najbolj neprijetno presenečenje, visoko stroški, ki v posameznih primerih dosežejo tudi take vsote, da je morda avtomobil bolje zavreči kot popravljati.

Finančno breme za lastnike je manjše, če so imeli sklenjeno kaskozavarovanje z vključenim tveganjem za poškodbe, ki nastanejo pri poplavah. Pri večini zavarovalnic so te vključene v popolno kaskozavarovanje, delni kasko pa povrnitve škode ne vključuje. Pri popolnem kaskozavarovanju zavarovalnice poravnajo stroške zamenjanih sestavnih delov in mehaničnega popravila; če to presega polovico vrednosti avtomobila oziroma v odvisnosti od poplavne stopnje, priznajo tudi zamenjavo celotnega vozila oziroma tako imenovano 'totalko'.