Leta 1240 je 26-letni francoski kralj Ludvik IX. Sveti obmorsko pristanišče ustanovil kot zbirališče za vkrcanje na križarske pohode. Kralj je bil tudi prepričan, da je Francija premalo vključena v pomorsko trgovino, ki sta jo takrat obvladovali Pisa in Genova, zato je potreboval pomemben dostop do morja.

Zasnova mesta temelji na antičnih vojaških mestih in se še danes kaže z urejenim pravokotnim sistemom ulic, z morjem pa je mesto v tistem času povezoval umetni kanal. Naselje varuje obzidje s 15 stolpi in 10 vhodi, ki jih je dal po vzoru veličastnega carigrajskega obzidja leta 1272 zgraditi Filip Drzni, njegovo delo pa je nato nadaljeval še Filip Lepi. Ta je obnovil pristanišče in dodatno utrdil obzidje tako, da je dal zgraditi dodatne stolpe.

V 14. stoletju je v Aigues-Mortesu živelo okoli 15.000 prebivalcev, vendar pa je voda začela usihati, morje pa se odmikati. Tour de Constance, ki je danes osrednja znamenitost mesta, je tako izgubil svoj strateški pomen in postal zapor, v katerem so bili zaprti templarji in uporni plemiči. Več kot stoletje pozneje so po razveljavitvi nantskega edikta leta 1665 sem zaprli tudi hugenote.