Čeprav leži v zmernem pasu, pa pokrajina otoka na skrajnem jugu Japonske spominja na deževni pragozd nekje v tropskem podnebju. V gorah, ki se dvigajo skoraj do dva tisoč metrov, neprestano dežuje in domačini se šalijo, da je pri njih 35 deževnih dni na mesec. Jakušima tako ne velja zaman za najbolj deževen kraj na Japonskem, uvršča se celo med najbolj vlažna območja na vsem svetu.

Prav posebne podnebne razmere so razlog za bujno rastlinstvo in na otoku lahko najdemo kar 1.900 različnih rastlinskih vrst. Med njimi posebej izstopajo avtohtone japonske cedre, pogovorno imenovane sugi, ki so stare po tisoč let in več, najstarejša med njimi pa naj bi po navedbah japonskih vodičev celo dosegla častitljivih sedem tisoč let.

V preteklosti je bil otok priča intenzivnemu izsekavanju, še posebej v obdobju Edo od začetka 17. do sredine 19. stoletja, ko je Japonska pod vladavino šogunata Tokugava doživljala gospodarski razcvet. V poznih 60. letih prejšnjega stoletja se je izsekavanje končalo. Prizadeta območja so ponovno zasadili z drevesi, medtem ko so z oblikovanjem zaščitenih območij uspeli zaščititi starodavni gozd, ki je bil leta 1993 uvrščen na Unescov seznam svetovne dediščine.

V živalskem kraljestvu izstopa opica japonski makaki (Macaca fuscata), ki je avtohtona vrsta na otoku in je bila že skoraj ogrožena, a se je populacija zdaj okrepila. Med avtohtonimi živalskimi vrstami na Jakušimi je še pegasti ali japonski jelen (Cervus nippon). Za valjenje obalo otoka priložnostno izkoristijo morske želve vrste glavata kareta.

Otok letno obišče okoli 300.000 turistov, ki se najpogosteje odpravijo na pohodniške izlete ali pa samo na ogled ceder, ki jih imajo nekateri Japonci za sveta drevesa. Obiskovalci lahko pokusijo tudi žganje šoču, ki ga tradicionalno pridelujejo na otoku iz ječmena, sladkega krompirja, ajde ali riža in seveda vode iz tamkajšnjih studencev.