Na nemški izdaji Wikipedije so odkrili članek, ki je vseboval povezavo do strani, iz katere naj bi si uporabnik na svoj računalnik prenesel protivirusni program. S klikom na povezavo pa si je uporabnik v resnici na računalnik prenesel virus, ki se je nato prek elektronske pošte širil po spletu. Uredniki Wikipedije so to precej hitro odkrili, zato menijo, da z virusom ni okuženih veliko računalnikov.

Wikipedija je pogosto tarča kritik zaradi pristranskih objav. Zadnje čase ji očitajo, da postaja orožje za politične, osebne in druge obračune.