Marta Ciraj je rojena 12. februarja 1956, v Slovenj Gradcu. Študirala je na Biotehniški fakulteti, na agronomiji, smer poljedelstvo in marca 1979 z odliko zaključila študij. Magisterij s področja fitomedicine, smer herbologija je opravila v Sarajevu leta 1982, leta 1995 pa je končala še doktorski študij s področja ekoloških učinkov nekaterih fitofarmacevtskih sredstev.

Zaposlila se je maja 1979, najprej pri podjetju Agrotehnika Gruda, leta 1983 pa kot svetovalka za poljedelstvo in varstvo rastlin na Kmetijskem zavodu Ljubljana. Leta 1993 je postala glavna kmetijska inšpektorica, tri leta kasneje pa državna podsekretarka na ministrstvu za zdravje z nalogo ureditve področja nevarnih snovi.

Ko sta bila leta 1999 sprejeta zakon o kemikalijah in zakon o kemičnem orožju ter ustanovljen Urad RS za kemikalije, je bila imenovana za prvo direktorico Urada RS za kemikalije in za prvo stalno predstavnico Slovenije pri Organizaciji za prepoved kemičnega orožja v Haagu. Sodelovala je v dveh delovnih skupinah za vstop Slovenije v EU.