Režiser je umrl v Pragi, kjer je tudi živel, je za slovaško nacionalno televizijo RTVS povedala njegova hči.

Eden najbolj znanih slovaških filmskih režiserjev je v svoji karieri posnel številne igrane filme in dokumentarce.

Jakubisko je film študiral v 60. letih v Pragi, kjer se je pridružil generaciji češkoslovaškega novega vala. Njegov prvenec je bil avtobiografski film Kristusova leta (Kristove Roki) iz leta 1967, kjer pripoveduje o slovaškem umetniku Juraju, ki se znajde na razpotju življenja.

Po praški pomladi leta 1968 so njegove filme prepovedali. Jakubisko se je po nekajletnem premoru k filmu vrnil v osemdesetih letih 20. stoletja, ko je med drugim pravljično zgodbo Perinbaba, v katerem je leta 1985 nastopila italijanska igralka, Fellinijeva žena Giulietta Masina.

Leta 2008 je posnel svoj prvi film v angleščini, Bathory: Countess of Blood (Bathory: Krvava grofica), o znameniti grofici Elizabeti Báthory, ki se je v zgodovino zapisala s svojo krutostjo in umori. Zatem se je s filmom ukvarjal predvsem kot producent.