Z namenom ohranitve biološke raznolikosti v EU-ju je na seznamu tako 197 živalskih in 89 rastlinskih vrst ter 205 habitatov. Zaščiteni bodo med drugim volk, vidra, losos ter občutljivi habitati obalnih lagun, močvirij, pašnikov, nekaterih gozdov in rečnih sistemov.

Po besedah evropskega komisarja za okolje Stavrosa Dimasa je Natura 2000 postala največja mreža zaščitenih območji na svetu in najučinkovitejše orodje EU-ja za zaščito njene flore in favne.

Naslednje dejanje pri izpolnjevanju ciljev mreže Natura 2000 bo sprejetje dveh novih seznamov ogroženih vrst v severnih in sredozemskih biogeografskih regijah ter razširitev mreže na nove države članice.