V intervjuju za Delo je Peinkiher zatrdil, da je bil Janša tisti, ki je leta 1990 razoroževal Slovenijo. Z nestrokovnim delom naj bi tudi ogrozil proces osamosvajanja ter zlorabljal vojsko in varnostno službo v politične namene.

Janša, njegov namestnik Miran Bogataj in vodja varnostne službe Andrej Lovšin naj bi v ob razglasitvi neodvisnosti Slovenije povsem podcenjevali razmere in niso upoštevali opozoril in poročil, zato 27. junija 1991 zjutraj, ko je šla vojska JLA iz vojašnic, na položajih ni bilo nobene enote.

"To je bil popoln debakel obrambnega ministra Janše in notranjega ministra Igorja Bavčarja. Dejstvo, da so bili tisto noč ob 2.45 doma, in ne na svojih mestih, dokazuje, da so povsem podcenjevali razmere, da niso upoštevali opozoril in poročil. Že samo zaradi tega bi morali biti takrat odstavljeni in kaznovani," je poudaril Peinkiher.

Janša: Doma je spal le Kučan
Na njegove trditve sta se odzvala Igor Bavčar in Janez Janša. "Med vojno je doma spal le vrhovni poveljnik Milan Kučan. Sejo predsedstva RS je sklical šele 12 ur potem, ko so tanki šli iz vojašnic," se je Janša zapisal na družbenem omrežju Twitter.

Bavčar: Peinkiher laže
"To enostavno ni res! Tisto noč, kot tudi tedne prej in pozneje, sva z Janezom Janšo bivala v pritličju vladnih prostorov na Gregorčičevi ulici v Ljubljani, pozneje in do konca vojne pa v Cankarjevem domu," je v svojem odgovoru na Peinkiherjeve besede pojasnjeval Igor Bavčar.

"Čemu taka notorična laž, če ne prav zato, da se razvrednoti vloga oseb, ki so vodile osamosvajanje, česar intervjuvanec tudi sicer sploh ne skriva? Sploh je zanimivo, da človek, ki sebe označuje za "profesionalnega vojaka", danes kritizira odločitve koordinacije, ki je vodila obrambo in zmagala v desetdnevni vojni, češ da ni takoj ustavila jugoslovanske armade, ko je ta izšla iz vojašnic. Dobro pa ve, da je odločitev o uporabi oborožene sile sprejelo predsedstvo slovenske države pozneje v zgodnjih jutranjih urah tistega dne," je še dodal Bavčar.

Ob tem je še opozoril, da to ni bila pristojnost koordinacijske skupine, ne njega kot njenega vodje in tudi ne Janeza Janše, čeprav so vsi vedeli, kaj JLA namerava, in so bili na to tudi pripravljeni.