15. maja 1990 so takratne jugoslovanske oblasti zahtevale, naj Teritorialna obramba orožje preda Jugoslovanski ljudski armadi (JLA), čemur pa se je mnogo poveljnikov Teritorialne obrambe in občin uprlo. 17. maja 1990 je predajo orožja tudi uradno prepovedal takratni obrambni minister Janez Janša, ki je tisti dan mandat nastopil skupaj z novo, Demosovo vlado.

Sklep, da se orožje ne sme predati, je 18. maja sprejelo še predsedstvo Republike Slovenije, ki ga je takrat vodil Milan Kučan. Prav to med akterji tistega časa že nekaj časa povzroča polemike. Janša meni, da je predsedstvo s takšnim sklepom zavlačevalo, zaradi česar je mnogo orožja po nepotrebnem prešlo v roke JLA, Kučan pa pojasnjuje, da je takrat naredil vse, kar je lahko, in da je takoj, ko je izvedel za ukaz o predaji orožja, zahteval uradna pojasnila.

Manevrska struktura (MSNZ) je takoj po ustanovitvi začela oblikovati obrambno mrežo, ki je bila ključen temelj za spopad pri poznejši osamosvojitvi. MSNZ je notranji minister Igor Bavčar razpustil oktobra istega leta, njene naloge pa je prevzela Teritorialna obramba.